Gaussian

01 / 01 / 1970,

Actualité

Gaussian est un ensemble de programmes pour le calcul de structures électroniques (calculs de Chimie Quantique).
Site web : www.gaussian.com

Parmi les possibilités importantes on trouve:

• Le calcul de l'energie potentielle a plusieurs niveaux de theorie possibles : semiempirique, HF, DFT, MP2, MP4, CCSD(T), CASSCF, CASPT2, ..., ONIOM, effet de solvant, ...
• La recherche de points stationnaires sur la SEP (minima, états de transition,...)
• Le calcul de propriétés moléculaires diverses (fréquences de vibration, moment dipolaire, déplacments chimiques RMN, propriétés thermodynamiques (H, S, G), ...

La version G.03 est installée sur Romeo2

Script de soumission :

Il existe aussi un outil pour générer un script de manière interactive : gscr est disponible dans /opt/tools, il vous suffit de le copier dans votre répertoire de travail pour l'utiliser et éventuellement le modifier. Merci à Eric Henon qui a créé cet outil.

utilisation en ligne: csh gscr molecule :repondre aux questions (nb proc. demandes ...)=> genere molecule.sh et il ne reste qu'a soumettre par qsub molecule.sh

 

Script de soumission type

#!/bin/sh

### URCA launching file for jobs
###
#PBS -N Gaussian_jobname
### declare job non-rerunable
#PBS -r n
### output file
#PBS -e Gaussian_job.err
#PBS -o Gaussian_job.out
### Mail to user - abort, begin and end -
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
### Queue name
#PBS -q long
### Resources query: number of nodes, cpu per node, cpu time
#PBS -l nodes=1:ppn=2:romeo25

### working directory
PBS_O_WORKDIR=/tmp/user.Gaussian.jobname.27835
mkdir $PBS_O_WORKDIR
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
echo Running on host `hostname`
echo Time is `date`
echo Directory is `pwd`


### run executable
export g03root=/opt/Gaussian
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/intelruntime:$LD_LIBRARY_PATH"
cp /home_nfs/user/jobname.inp $PBS_O_WORKDIR
g03 jobname.out
cp jobname.out /home_nfs/henon


### preciser le nbre de processeurs ayant servi
cd /home_nfs/user

echo "************" >> jobname.out
echo Run on 2 nodes >> jobname.out

B3LYP/6-311++g** test job
molecule: C2H5NO2

Le second jeu incore fait reference au meme calcul avec les integrales bielectroniques conservees en memoire vive au lieu du disque dur: 550Mo/par proc

 

• ROMEO2 9.1 Compiler

NPROC	TIME	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)	ROMEO1/ROMEO2
1 proc	164 s	1	100	6.0
2 procs	92 s	1.8	89.1	5.7
4 procs	45 s	3.6	91.1	5.7
8 procs	32 s	5.1	64.0	4.9

 

• ROMEO2 9.0 Compiler

NPROC	TIME	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)	ROMEO1/ROMEO2
1 proc	575 s	1	100	1.73
2 procs	299 s	1.92	96.1	1.74
4 procs	149 s	3.86	96.5	1.71
8 procs	105 s	5.48	68.5	1.45
16 procs	59 s	9.75	60.9
32 procs	38 s	15.13	47.3

 

• Direct/Incore ROMEO1/ROMEO2

1 proc incore	114 s	1.00	100	5.04	7.7
2 procs incore	69 s	1.65	82.6	4.33	9.6
4 procs incore	38 s	3.00	75.0	3.92	14.9
8 procs incore	31 s	3.68	46.0	3.39	16.2
16 procs incore	26 s	4.38	27.4	2.27

 

• CRIHAN (p5)

NPROC	TIME	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)
1 proc	206 s	1	100

 

• ROMEO1

NPROC	TIME	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)
1 proc	992 s	1	100
2 procs	520 s	1.91	95.4
4 procs	255 s	3.89	97.3
8 procs	156 s	6.36	79.5

 

• incore:

1 proc	878 s	1	100
2 procs	665 s	1.32	66
4 procs	567 s	1.55	38.7
8 procs	502 s	1.75	21.8

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