Amber

01 / 01 / 1970,

Actualité

Amber est un ensemble de programmes destinés à la simulation moléculaire (minimisation, dynamique moléculaire) de biomolécules principalement, par mécanique moléculaire (MM).

 

 

Des possibilités de simulation par la méthode hybride QM/MM existent aussi.Amber propose un certain nombre de champs de force. La version 7 est installee sur romeo2 (source + binaire).

Site web : http://amber.scripps.edu/

 

 

 

Script de soumission :

Il existe aussi un outil pour générer un script de manière interactive : ascr est disponible dans /opt/tools, il vous suffit de le copier dans votre répertoire de travail pour l'utiliser et éventuellement le modifier. Merci à Eric Henon qui a créé cet outil.

utilisation en ligne: csh ascr molecule :repondre aux questions (nb proc. demandes ...)=> genere molecule.sh et il ne reste qu'a soumettre par qsub molecule.sh

 

 

Accélération type

molecular dynamic on a (proteine + wat) system
20400 atoms (SHAKE)
4000 steps of 1 fs

• ROMEO2 amber9/9.1 COMPILER

NPROC	WALLTIME	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)	ROMEO1/ROMEO2
1 proc	1285 s	1.0	100	10.2
2 procs	666 s	1.9	96.5	11.1
4 procs	355 s	3.6	90.5	13.2
8 procs	198 s	6.5	81.1	18.9
16 procs	124 s	10.4	64.8
32 procs	84 s	15.3	47.8

 

• ROMEO2 amber7/9.0 COMPILER

NPROC	WALLTIME	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)	ROMEO1/ROMEO2
1 proc	1316 s	1.0	100	9.9
2 procs	685 s	1.92	96.1	10.8
4 procs	375 s	3.51	87.8	12.5
8 procs	233 s	5.65	70.6	16.0
16 procs	153 s	8.60	53.8
32 procs	115 s	11.44	35.8

 

• amber7 ROMEO1

NPROC	WALLTIME	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)
1 proc	13070 s	1.0	100
2 procs	7423 s	1.76	88.0
4 procs	4691 s	2.79	69.7
8 procs	3737 s	3.50	43.

 

job: Amber, minimisation sur une proteine + eau :

NPROC	WALLTIME	THEOR.	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)
1 proc	952 s	952	1.00	100
2 procs	526 s	476	1.81	90.5
4 procs	311 s	238	3.06	76.5
8 procs	222 s	119	4.29	53.6
16 procs	186 s	60	5.12	32.0
32 procs	184 s	30	5.17	16.2

• job: Amber, dynamique moleculaire sur une proteine + eau

NPROC	WALLTIME	THEOR.	SPEEDUP	EFFICIENCY(%)
1 proc	1316 s	1316	1.0	100
2 procs	685 s	658	1.92	96.1
4 procs	375 s	329	3.51	87.8
8 procs	233 s	164	5.65	70.6
16 procs	153 s	82	8.60	53.8
32 procs	115 s	41	11.44	35.8