Livret d'information des utilisateurs

des ressources ROMEO

 

Juillet 2014

 

 

Présentation du livret 

 

Ce livret a pour objectif de rassembler les principales informations nécessaires à un utilisateur des supercalculateurs ROMEO opérés par le Centre de Calcul de Champagne-Ardenne ROMEO.

 

Il décrit les services accessibles aux projets qui bénéficient des ressources ROMEO et vise à en donner une vision globale et pérenne, mais il est ensuite indispensable de consulter les informations réservées aux utilisateusr enregistrés et disponibles dans le techno-centre du site web ROMEO (https://romeo.univ-reims.fr), et où vous trouverez les informations techniques qui évoluent plus rapidement.

 

Précisons, ici, que la structure de ce livret est identique au livret rédigé par GENCI pour les centres nationaux Cines, Idris et TGCC. Dans ce document, chacun de ces centres nationaux de calcul définit son architecture ainsi que ses services aux utilisateurs, et précise aussi comment il installe et opère ses équipements. Le livret est disponible ici : http://www.genci.fr/fr/node/407

Services aux utilisateurs

 

 

Le Centre de Calcul de Champagne-Ardenne a pour objectif de promouvoir et d'accompagner les activités de recherche numériques en Champagne-Ardenne. L'accès aux ressources est réservé en priorité aux utilisateurs de la région Champagne-Ardenne, ou à leurs colaborateurs, dans le cadre de leur activité de recherche.

 

ROMEO propose les services suivants :

 

 

Le Centre de Calcul est administré par le Comité Scientifique et Technique ROMEO qui a pour rôle :

 

Disponibilités

 

En dehors des périodes de maintenance et/ou de panne, les services de calculs sont disponibles aux utilisteurs enregistrés 24 h / 24 et 7 j / 7. 

Le support est accessible pendant les heures des bureaux via l'interface de gestion des tickets : https://romeo.univ-reims.fr/ticket/

 

Devenir un utilisateur ROMEO

 

Tout utilisateur accédant aux ressources informatiques ROMEO doit avoir au préalable approuvé la charte de bon usage des ressources du centre.

De plus, la création et le maintient de l'accès est conditionné par le dépot et par la mise à jour d'un projet scientifique qui permettra au comité ROMEO d'attribuer et de renouveller un quota d'heures à chaque projet et/ou à chaque utilisateur. 

En complément de la mise à jour annuelle du rapport scientifique et des indicateurs, l'utilisateur s'engage à participer aux activités et aux animations scientifiques.

Si vous possédez un compte ROMEO et que vous cherchez des informations techniques sur l'utilisation des moyens de calcul, rendez-vous dans le Techno-centre.

Pour toute information complémentaire, veuillez nous contacter.

 

 

 

Pour bénéficier d'un accès aux ressources ROMEO :

 

Ressources :

 


Charte d'utilisation


Modèle de projet


Déposer une demande

 

 

 

 

Services Internes

 

Les services internes ne sont pas perceptibles par les utilisateurs.

Ils sont davantage liés au fonctionnement des composantes techniques des centres.

 

En voici les principales catégories :

 

Ces services ne sont pas décrits dans cette version du livret d’information.

 

Description des services

Les services de calcul

Les services de calcul

 

Les services de calcul permettent l’exécution des codes utilisés sur les supercalculateurs.

Ils sont destinés à des applications utilisant fortement le parallélisme.

Ils répondent à des besoins en puissance élevés.

 

L’accès aux calculateurs est effectif après avoir rempli les formalités administratives du Centre de Calcul de Champagne-Ardenne ROMEO.

 

L’accès au calcul se fait par un système de files d’attente, prenant en compte les caractéristiques des travaux à effectuer, les disponibilités courantes du calculateur et éventuellement une priorité propre au projet (fair share).

 

Les files d’attente sont gérées par un gestionnaire de « batch » permettant de réserver les ressources pendant la durée de l’exécution du travail en gérant la disponibilité des ressources et les priorités éventuelles des travaux en file d’attente.

 

Les ressources de calcul disponibles sont :

Service de pré-traitement et de post-traitement

 

Les services de pré et post-traitement font référence à l’ensemble des activités de mise en forme des données en amont et en aval des services de calcul de production. Ils concernent les problématiques de reformatage de résultats, d’extraction de données, de visualisation légère de données, de génération de maillages etc.

 

Généralement, ils requièrent beaucoup de mémoire et/ou des entrées-sorties très intensives. Ces spécificités font que ces services de pré et post-traitement s’exécutent soit sur des machines particulières, soit sur des nœuds des machines de production. Certains logiciels ou bibliothèques (de visualisation par exemple) ne sont disponibles et/ou pleinement opérationnels que sur ces machines dédiées.

 

Les ressources utilisées sur ces machines particulières ne sont pas décomptées de l’allocation d’heures des utilisateurs.

 

Tout utilisateur ayant un compte actif a automatiquement accès à ces services de pré et post-traitement via le système de réservation de sessions interactives.

 

Machines de pré/post traitement et de Visualisation distante :

Service de Visualisation

 

La représentation graphique des résultats de calcul permet dans de nombreux cas une interprétation efficace de ces résultats.

 

En réponse à ces besoins de post-traitement graphiques croissants en nombre et exigeant des ressources de calcul importantes, ROMEO a enrichi ses services de visualisation tant au niveau des ressources affectées que des outils logiciels ou du support associé.

 

Les services de visualisation s'appuient sur les machines du service pré/post-traitement, et utilisent des solutions comme VirtualGL et s'appuie sur le portail web Sysfera-DS. ( http://www.sysfera.fr/sysfera-ds.html )

 

Le service de visualisation distante permet aussi l'exploitation du mur d'image de l'URCA, exploité par le Centre Image.

 

Un grand nombre de logiciels est disponible (Paraview, Visit, Blender, VMD ...). La liste complète est disponible dans la rubrique Techno-Centre.

 

Les ressources utilisées sur ces machines particulières ne sont pas décomptées de l’allocation d’heures des utilisateurs.

 

Tout utilisateur ayant un compte actif a automatiquement accès à ces services de visualisation le système de réservation de sessions interactives.

 

Machines de pré/post traitement et de Visualisation distante :

 

Services de mise à disposition de logiciels

 

En plus des compilateurs et des bibliothèques MPI indispensables pour compiler et exécuter des codes parallèles, des logiciels thématiques (principalement de chimie), des bibliothèques (scientifiques ou propres aux entrées-sorties) et des outils (d’analyse de performance, de débogage, de développement et de gestion de programmes sources) sont mis à disposition des utilisateurs.

 

Certains sont soumis soit à autorisation soit à licence et nécessitent, dans ce cas, des droits particuliers. Ces logiciels sont généralement gérés avec la commande module qui permet entre autres de lister les différentes versions disponibles.

 

Ces logiciels sont installés dans le répertoire /apps. Leur liste exhaustive est disponible dans la rubrique Techno-Centre. Vous y trouverez aussi une documentation associée décrivant les modalités de leur utilisation. Attention, cette documentation est un wiki ou chaque utilisateurs peut apporter des compléments, pour le service de la communauté. 

 

Sur demande justifiée, les utilisateurs peuvent demander l’installation de nouvelles versions ou de nouveaux logiciels aux équipes d’assistance des centres. Les utilisateurs sont tenus de prendre en charge, via leurs crédits ou sur des projets spécifiques, les hypothétique frais des logiciels à licences ou payants. Quelques logiciels payants sont pris en charge par le Centre de Calcul pour des raisons historique ou en cas de besoin couvrant une large communauté. 

 

On peut retrouver les logiciels/librairies suivants :

Services de gestion de données

 

Le Centre de Calcul de Champagne-Ardenne ROMEO dispose de plusieurs espaces de stockage pour héberger les différents types de données des utilisateurs. Il est impératif de prendre connaissance des caractérisitiques de ces différents moyens de stockage. On peut retrouver les espaces suivants :

 

 

Stockage :

 
Service d'Archivage
 

Nous disposons d'un service d'archivage disponible sur demande pour des projets en faisant la demande. Cette solution est limitée, mais une solution plus scalable est à d'étude.

Services d’aide aux développement des applications

 

En complément des formations au développement de code, le centre de calcul, dans le cadre de son support applicatif, est en mesure de proposer une assistance au développement, et à l’optimisation de codes. Les utilisateurs peuvent solliciter l'équipe technique ROMEO dans ce cadre. 

 

En fonction des compétences necessaires et de la complexité du problème, les partenaires BULL et NVIDIA pourront aussi être sollicités.

Services de support opérationnel

Authentification et Gestion de compte utilisateur

 

La sécurité, tant sur le plan matériel que logiciel, a toujours été une priorité des centres.

Tous les systèmes informatiques requièrent une authentification et une autorisation octroyées par un annuaire centralisé.

 

Les comptes sont individuels et créés suite à une procédure unique intégrant le respect de la charte en vigueur.

Des comptes pré-créés dans le cadre de journées de formation respectent aussi ces caractéristiques mais sont actifs pour une durée déterminée.

 

Les démarches pour ouvrir un compte se trouvent la page https://romeo.univ-reims.fr/pages/register.

 

 

Accès au Centre de Calcul Champagne-Ardenne ROMEO

 

 

L’accès au Centre de Calcul se fait par l’intermédiaire d’un protocole chiffré : ssh, https

Services d'assistances aux utilisateurs

 

L’assistance est le point de contact privilégié permettant d’apporter une aide aux utilisateurs, au quotidien. Le Centre de Calcul de Champagne-Ardenne ROMEO a mis en place un accueil centralisé pour la prise en compte et le suivi des demandes utilisateurs par un système de ticket accessible depuis le site web.

 

L’assistance au quotidien comprend :

Dans tous les cas, le demandeur sera impliqué pour améliorer la documentation en ligne, apporter des compléments ou valider les correctifs proposés par l'équipe technique.

 

Ce service d’assistance est complété par :

 

Services de support applicatif

 

L’évolution des architectures et les exigences croissantes de performances implique une adaptation des applications de façon à tirer parti de cette puissance de calcul. Cette adaptation requiert technicité, compétences expertes et une grande expérience dans tous les domaines du calcul numérique intensif. Pour cela, le Centre de Calcul accompagne les utilisateurs en leur proposant des services d’aide au développement et à l’optimisation de leur application sur le supercalculateur Roméo.

 

Le support applicatif recouvre les notions suivantes : conseil au niveau de la méthodologie d’optimisation à suivre ; conseil à l’utilisation des outils de débogage ou d’analyse de performance au niveau de l’optimisation séquentielle ou parallèle du code (vectorisation, optimisation des accès mémoire, optimisation des communications MPI, des entrées-sorties, choix des bibliothèques scientifiques les plus performantes, optimisation algorithmique, portage CUDA, etc).

 

Services de formation

 

Pour faciliter le transfert de connaissance à destination des utilisateurs, des programmes de formation sont mis en place, ouverts aussi bien à la recherche académique qu’aux partenaires industriels, couvrant tous les aspects techniques relatifs au HPC.

 

Ces formations, à fort caractère appliqué, concernent aussi bien les langages de programmation scientifique que la parallélisation (MPI, OpenMP, hybride MPI+OpenMP), l’utilisation des accélérateurs (CUDA, OpenACC, OpenCL), l’optimisation et le débogage de code, la visualisation, l’utilisation des ressources de calcul disponibles, etc.

 

Le programme et les modalités d’inscription à ces formations sont annoncés et disponibles sur le site web ROMEO.

 

Des séminaires, des journées thématiques, d’information et de débat sont régulièrement organisées par le Centre de Calcul et les différents plateaux techniques de la Maison de la Simulation de Champagne-Ardenne pour mettre en exergue l’utilité du calcul haute performance, ses spécificités, ses problématiques et partager des retours d’expérience autour de certaines thématiques ciblées.

Services d’information

 

Informer est une activité essentielle à la promotion de l’utilisation du calcul intensif et de son alignement sur les besoins de la communauté scientifique. Chaque projet est détaillé et doit être mis à jour régulièrement par l'utlisateur depuis le site du Centre de Calcul de Champagne-Ardenne ROMEO. Chaque année une analyse de l'activité est publiée et est remis à l'établissement, aux partenaires et financeurs.

 

Le Centre de Calcul informe autant que possible les utilisateurs sur son fonctionnement : en cas de problème de disponibilité des ressources, ou en cas d’arrêt planifié, des mails sont envoyés aux utilisateurs pour les informer et des informations sont disponibles sur les sites web des centres, ainsi que sur l'accueil des serveurs de login.

 

 

Le Comité technique et Scientifique ROMEO, qui implique les utilisateurs, veille à ce que tous les projets auxquels des ressources informatiques ont été attribuées puissent être menés à bien, dans les meilleures conditions. Il transmet les observations de tous les utilisateurs sur le fonctionnement du centre et dialogue avec celui-ci pour définir les évolutions souhaitables.

Annexes

Comités et thématiques

 

Le Centre de Calcul de Champagne-Ardenne ROMEO est géré par le Comité Scientifique et Technique (CoS) ROMEO qui comprend :

Ce CoS se décline en trois comités thématiques pour étudier les demandes d'allocations dans les trois domaines : 

De plus, les différents la Maison de la Simulations a créé un certain nombre de comités pour organiser les activités ROMEO :

Ressources de calcul :

 

Ressources de visualisation, post et pré-traitement :

 

Autres ressources :