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Un algorithme pour traiter plus d'1 million d'atomes en chimie quantique

Anthony Scemama présentera ses travaux mardi 30 septembre 2014 à 10h30 (Salle AR06, Bâtiment 18 de l'UFR Sciences). Après avoir a obtenu en 2004 un doctorat en chimie informatique et théorique de l'Université Paris VI, il est actuellement ingénieur de recherche en calcul scientifique au Laboratoire de Chimie et Physique Quantiques de Toulouse.

 

 


 

 

Ses travaux de recherche portent sur le développement d'algorithmes en chimie quantique et leur implémentation dans le but d'obtenir des codes qui tirent profit des architectures matérielles modernes et futures.

 

Mardi 30 septembre 2014, 10h30 - Salle AR06, Bâtiment 18 - UFR Sciences

 

Anthony Scemama a obtenu en 2004 un doctorat en chimie informatique et théorique de l'Université Paris VI. Il est actuellement ingénieur de recherche en calcul scientifique au Laboratoire de Chimie et Physique Quantiques de Toulouse. Ses travaux de recherche portent sur le développement d'algorithmes en chimie quantique et leur implémentation dans le but d'obtenir des codes qui tirent profit des architectures matérielles modernes et futures.

Un algorithme permettant de traiter plus d’un million d’atomes en chimie quantique Nous avons développé un algorithme pour résoudre les équations du SCF pour des systèmes de grande taille en tenant compte de l'aspect creux des matrices. L'implémentation dans le code semi-­empirique deMon-Nano tient compte d'informations de bas niveau afin d'être très efficace sur les machines SMP modernes. Des benchmarks ont été réalisés en SCC­‐DFTB sur des boîtes d'eau contenant jusqu'à 1.5 million d'atomes, avec une erreur relative sur l'énergie inférieure à 10^{­‐9}. Je commencerai par décrire l'algorithme, puis je discuterai des points techniques qui ont permis d'avoir une très bonne efficacité aussi bien sur des serveurs bisockets standards que sur une machine cc-NUMA à 384 cœurs.