ROMEO HPC Center

Liste des logiciels installés sur ROMEO II

Trouvez ici des informations sur les logiciels installés sur Romeo2 :

Compilateur Intel C / C++, Compilateur Fortran, IMKL, Amber 9, Molcas 5.4, CPMD 3.11.1, Fluent, Gaussian, Gromacs, Molden, Molpro, PETSC, GSL

Compilateur Intel C / C++
La version 10.1.008 est installée. Il suffit de sourcer l'environnement pour l'utiliser sur le noeud de login :

source /opt/intel/iccvars.sh

Compilateur Fortran
La version 10.1.008 est installée. Il suffit de sourcer l'environnement pour l'utiliser sur le noeud de login :

source /opt/intel/iforthvars.sh

IMKL http://www.intel.com/cd/software/products/asmo-na/eng/307757.htm
Intel Math Kernel Library, la version cluster 9.1.023 est intallée dans /opt/intel/cmkl/

Abaqus 6.7.1 http://www.abaqus.com
ABAQUS, Inc. the world’s leader in advanced Finite Element Analysis, provides complete and powerful solutions for routine and sophisticated linear and nonlinear engineering problems. Please consult user's guide for submitting jobs, created by Boussad Abbes (ESIEC)

Amber 9 http://amber.scripps.edu/
Amber est un ensemble de programmes destinés à la simulation moléculaire (minimisation, dynamique moléculaire) de biomolécules principalement, par mécanique moléculaire (MM). Des possibilités de simulation par la méthode hybride QM/MM existent aussi.
Amber propose un certain nombre de champs de force. La version 7 est installee sur romeo2 (source + binaire).
Informations supplémentaires ROMEO II (performances, scripts, ...)

Molcas 6

Bientôt !

CPMD 3.11.1
description à venir

Fluent
description à venir

Gaussian http://www.gaussian.com/
Gaussian est un ensemble de programmes pour le calcul de structures électroniques (calculs de Chimie Quantique).
Parmi les possibilités importantes on trouve:

  • le calcul de l'energie potentielle a plusieurs niveaux de theorie possibles : semiempirique, HF, DFT, MP2, MP4, CCSD(T), CASSCF, CASPT2, ..., ONIOM, effet de solvant, ...
  • la recherche de points stationnaires sur la SEP (minima, états de transition,...)
  • le calcul de propriétés moléculaires diverses (fréquences de vibration, moment dipolaire, déplacments chimiques RMN, propriétés thermodynamiques (H, S, G), ...
La version D.02 est installée sur Romeo2
informations supplémentaires Romeo² (scripts, ...)

Gromacs
description à venir


Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
Molden est un programme graphique PREPARANT et EXPLOITANT des calculs de Chimie quantique (typiquement: Gaussian).

Parmi les possibilités importantes on trouve:

  • la création et manipulation de structures moléculaires 3D (éditeur moléculaire)
  • une interface graphique pour faciliter la soumission de calcul de chimie quantique (Gamess, Gaussian, Mopac)
  • la représentation 3D de la densite electronique, potentiel electrostatique, d'orbitales moélculaires ...
  • l'animation de chemin réactionnels
  • l'animation 3D des modes normaux de vibration moléculaire
La version 4.6 est installee sur Romeo2 sous /opt/molden/molden4.6, l'executable est molden, il n'y a pas d'environnement particulier

Molpro
description à venir

PETSC http://www-unix.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/

Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation

PETSc, pronounced PET-see (the S is silent), is a suite of data structures and routines for the scalable (parallel) solution of scientific applications modeled by partial differential equations. It employs the MPI standard for all message-passing communication.

GSL http://www.gnu.org/software/gsl/
The GNU Scientific Library (GSL) is a numerical library for C and C++ programmers. It is free software under the GNU General Public License. The library provides a wide range of mathematical routines such as random number generators, special functions and least-squares fitting. There are over 1000 functions in total with an extensive test suite. The current version is GSL-1.9. It was released on 21 February 2007. This is a stable release.

The complete range of subject areas covered by the library includes,

Complex Numbers Roots of Polynomials Special Functions
Vectors and Matrices Permutations Sorting
BLAS Support Linear Algebra Eigensystems
Fast Fourier Transforms Quadrature Random Numbers
Quasi-Random Sequences Random Distributions Statistics
Histograms N-Tuples Monte Carlo Integration
Simulated Annealing Differential Equations Interpolation
Numerical Differentiation Chebyshev Approximation Series Acceleration
Discrete Hankel Transforms Root-Finding Minimization
Least-Squares Fitting Physical Constants IEEE Floating-Point
Discrete Wavelet Transforms

Pour la liste des librairies consulter l'article sur les librairies et sa documentation attachée ici