Comme chaque année, la journée scientifique sera l'occasion d'échanges entre les utilisateurs ROMEO. Se succéderont des présentations de jeunes chercheurs, d'expériences industrielles, de projets scientifiques plus aboutis et de présentations technologiques.
La journée aura lieu à partir de 9h00 dans l'amphi A1 de l'IUT de Reims, sur le campus Moulin de la Housse.
L'inscription gratuite et obligatoire : Inscription
Pour une version numérique de l'affiche : pdf
Programme :
Programme en cours de finalisation et susceptible d'évoluer. Horaires indicatifs. Les présentations auront lieu en Français.
9h00 | Accueil autour d'un café, amphithéatre A1, IUT de Reims, Chemin des Rouliers, REIMS
9h15 | Mot d'accueil et Introduction
Michael KRAJECKI, URCA - ROMEO
9h30 | Combiner biophysique expérimentale et in silico: exemple des interactions amphiphiles/membranes
Dr Sébastien BUCHOUX - Génie Enzym. et Cell. / Enzyme and Cell Engineering - UMR 7025
9h55 | Bilan ROMEO 2017 : nouveautés, évolutions et démo de la plateforme romeoLAB pour la promotion des application on-demand.
Fabien BERINI - URCA, ROMEO | Arnaud RENARD - URCA, CReSTIC, ROMEO | Eric HENON - URCA, ICMR
10h25 | Pause - DLI
10h55 | Caractérisation hydrodynamique d'un lits de plaquettes forestières à l'aide d'outils HPC.
Dr Victor POZZOBON, Dr Julien COLIN, Pr Patrick PERRE - CentraleSupelec, CEBB
11h30 | Le choix des architectures hybrides, une stratégie réaliste pour atteindre l'échelle exaflopique.
Julien LOISEAU - URCA, CReSTIC, C2I2
12h00 | Déjeuner, bâtiment Z
14h00 | "Data-Power the smart System" : application à l'agriculture, la santé et les process industiels.
Denis WOUTERS, Diane FERNANDEZ - Synomen
14h30 | Les technologies du nouveau supercalculateur ROMEO2018 et au dela : un supercalculateur Quantique !
Arnaud RENARD - URCA, CReSTIC, ROMEO
14h45 | Introduction sur l'informatique Quantque : "Atos QLM, a future-proof approach of quantum computing"
Hermantino SINGODIWIRJO - Atos Expert HPC and Quantum solutions
15h15 | Unravelling the structure/activity relationship between collagen derived peptides and the αVβ3 integrin
Eléonore LAMBERT, Manuel DAUCHEZ, Sylvie BRASART-PASCO et Stéphanie BAUD - URCA, SiRMa
15h45 | Pause
16h00 | Bases de données spectroscopiques théoriques pour la planétologie et l'astrophysique
Michael REY - URCA, GSMA
16h30 | Visite au coeur du nouveau supercalculateur ROMEO
Arnaud RENARD - URCA, CReSTIC, ROMEO
17h00 | Fin de la journée. Echanges autour du thème "la France et le Pérou"
Programme détaillé :
Combiner biophysique expérimentale et in silico: exemple des interactions amphiphiles/membranes
Dr Sébastien BUCHOUX - Génie Enzym. et Cell. / Enzyme and Cell Engineering - UMR 7025
Les techniques issues de la biophysique représentent des méthodes de choix lorsqu'il s'agit d'étudier les interactions entre des molécules amphiphiles et des membranes biologiques. Malheureusement, il est parfois difficile d'obtenir certaines informations expérimentalement, en particulier à l'échelle atomique.
Les simulations numériques, et notamment celles de dynamique moléculaire sont alors très adaptées pour compléter l'expérience. Dans cette présentation seront présentés deux exemples pour lesquels la combinaison des deux approches, expérimentale et in silico, permet d'avoir une description complète des interactions mises en jeu.
Les GlycéroLipidyl-ß-cyclodextrines (GLBCDs) sont des cyclodextrines modifiées chimiquement afin d'améliorer leur diffusion à travers les membranes plasmiques. Ici, des simulations de dynamique moléculaires nous ont permis d'obtenir une description atomique et cinétique de l'aggrégation des GLBCDs et de leur fusion avec une bicouche lipidique.
Les Rhamnolipides (RLs) sont des molécules amphiphiles naturelles produites par certains microorganismes comme pseudomonas aeruginosa. Ces molécules ont notamment des propriétés élicitrices intéressantes et qui semble être lié à une interaction avec les lipides de la membrane plasmique des plantes. Malheureusement, la RMN ne permet pas d'observer d'effet dû aux RLs sur la dynamique des lipides. Les simulations de dynamique moléculaire nous ont permis d'expliquer des résultats expérimentaux tout caractérisant l'affinité des RLs pour les lipides membranaires.
Caractérisation hydrodynamique d'un lits de plaquettes forestières à l'aide d'outils HPC.
Dr Victor POZZOBON, Dr Julien COLIN, Pr Patrick PERRE - CentraleSupelec, CEBB
This work presents a numerical workflow to generate a virtual packed bed made of non-spherical polydisperse particles, and subsequently predict its permeability. Wood chips were taken as an illustration. First, chips are sized before being recreated numerically. Then, using LMGC90, a DEM code, a packed bed made of those chips was generated. Once bed internal had been sampled, CFD tools belonging to the OpenFOAM library were used to mesh the geometry (snappyHexMesh) and compute fluid motion (simplefoam). Finally, using numerical results, the bed permeability was computed in both Stokes and inertial regimes - turbulence being described by Launder-Reece-Rod model. In parallel, experimental measurements of the permeability of a packed bed, made of the exact same wood chips, was carried out. These experiments were used as a reference to challenge numerical results. The permeability value delivered by the workflow is 16.0 % higher than the experimental value. This value has to be compared with Kozeny-Carman equation estimation which overestimates bed permeability by 115 %. Going one step further, this framework was successfully used to compute inertial effects constant of the Forsheimer equation for our packed bed. Throughout this article, a special care has been taken in explaining and evaluating the impact of all the key parameters, namely, number of particles that have to be sized, mesh refinement level, numerical domain dimensions. This workflow opens the door to numerical estimation of bed tortuosity, dispersion coefficients, volumetric heat exchange coefficients, and much more, using the particle size distribution as unique input data.
Le choix des architectures hybrides, une stratégie réaliste pour atteindre l'échelle exaflopique.
Julien LOISEAU - URCA, CReSTIC, C2I2
This talk presents our last research work on the usage of hybrid supercomputers in order to reach the exaflopic machine.
We present a new metric based on two specific problems targeting the computational and the communication wall, respectively.
The last part of this benchmark is a production code for physics and astrophysics simulation called FleCSPH and developed in collaboration with the Los Alamos National Laboratory from USA.
This code allows us to benchmark both architectures based on both walls with underlying high irregular behavior.
We present our simulation for binary neutron stars coalescence with up to one million particles using the Smoothed Particles hydrodynamics method in addition to the Fast Multipole Method.
"Data-Power the smart System" : application à l'agriculture, la santé et les process industiels.
Denis WOUTERSN, Diane FERNANDEZ - Synomen
Unravelling the structure/activity relationship between collagen derived peptides and the αVβ3 integrin
Eléonore LAMBERT, Manuel DAUCHEZ, Sylvie BRASART-PASCO et Stéphanie BAUD - URCA, SiRMa
Bases de données spectroscopiques théoriques pour la planétologie et l'astrophysique
Michael REY - URCA, GSMA
En spectroscopie, la connaissance précise des intensités des transitions rovibrationnelles dans l’infrarouge passe inévitablement pour la modélisation très précise d’états moléculaires via le développement d’outils théoriques adaptés. Suivant le type d’application, les précisions demandées ne seront pas forcément les mêmes. Par exemple, pour l’étude de l’atmosphère terrestre, des précisions spectroscopiques (voire métrologiques) sont parfois requises, à la fois sur les positions (≤10-3 cm-1) et les intensités (0.2-5%). Pour d’autres applications, comme en planétologie ou en astrophysique, les précisions demandées sur les positions des raies individuelles sont bien moins drastiques puisque les spectres observés sont généralement moins bien résolus mais s’étendent par contre sur une large plage spectrale et pour des températures pouvant aller de 80 K à plus de 2500 K. Dans tous les cas, cela nécessite de nombreux développements (théoriques et algorithmes de calcul) afin de résoudre l'équation de Schrödinger à partir de méthodes variationnelles puis de rassembler les résultats sous forme de base de données distribuées aux communautés spectroscopique, planétologique et astrophysique. En étroite collaboration avec le Russie (Tomsk), nous avons développé notre propre base TheoReTS (http://theorets.univ-reims.fr). Le calculateur ROMEO est alors d'une aide précieuse pour mener à bien tous les projets de recherche dont notamment notre ANR actuelle e-Pytheas qui concerne l'étude des gaz chauds pour les exoplanètes. Nos derniers résultats seront présentés brièvement.
Plan d'accès:
L'amphi 1 est situé A1 est situé au rez de chaussée du batiment A, en face de l'entrée de l'IUT
Accéder au campus : http://www.iut-rcc.fr/Index/plan
