Journée ROMEO, le 12 juin 2014
Comme chaque année, la journée scientifique sera l'occasion d'échanges entre les utilisateurs ROMEO. Se succéderont des présentations de jeunes chercheurs, d'expériences industrielles, de méso-challenges et de projets scientifiques plus aboutis.
La journée aura lieu à partir de 9h00 dans l'amphi 5 de l'UFR Sciences Exactes et Naturelles, sur le campus Moulin de la Housse.
L'inscription gratuite et obligatoire : Inscription
Programme en cours de définition (horaires à préciser) :
9h00 | Accueil autour d'un café, amphithéatre 5, bâtiment 4
9h30 | Introduction : Retour sur les activités ROMEO de la dernière année, Michael Krajecki | URCA - CReSTIC - ROMEO
9h55 | Caractérisation In Silico des interactions entre le récepteur de l'élastine et différents constituants de la matrice extra cellulaire, Stéphanie Baud | URCA - SiRMa
10h40 | Pause
11h05 | User case of optimization in Parallel Programming in CEPP, Romain VASSEUR | Bull - URCA - SiRMa
11h30 | Un cluster de calcul pour faire de la visualisation distante, temps réel, photo-réaliste et ultra-haute définition, Arnaud Renard | URCA - CReSTIC - ROMEO
12h00 | Résolution de problèmes combinatoires sur architectures multi-GPU, Christophe Jaillet | URCA - CReSTIC
12h30 | Déjeuner salle 3-R08, bâtiment 3
14h00 | GPU à IFP Energie Nouvelle : VASP, Solveur Linéaire pour la simulation réservoir, Thomas GUIGNON | IFP Energie Nouvelle
Reconstruction tomographique et filtrage pour l'analyse de matériaux poreux, Francois COKELAER | IFP Energie Nouvelle
14h30 | Visualisation ROMEO d'objets médicaux pour le projet ICOS, Laurent Lucas | URCA - CReSTIC - Centre Image
15h00 | Simulation numérique par la méthode FPM du procédé de moussage des pièces insonorisantes pour l’automobile, Hichem ABDESSALAM | URCA
15h25 | Pause
15h50 | Comment lancer ses calculs et ses sessions de visualisation ROMEO en 2 clics ? Benjamin Depardon | Sysfera, Arnaud Renard | URCA - ROMEO
16h20 | Conception d'activateurs du système immunitaire : Méta-analyse de simulations, Eric Henon | URCA - ICMR
17h00 | Fin de la journée
Programme détaillé :
9h30 | Introduction : Retour sur les activités ROMEO de la dernière année
Michael Krajecki | URCA - CReSTIC - ROMEO
9h55 | Caractérisation In Silico des interactions entre le récepteur de l'élastine et différents constituants de la matrice extra cellulaire
Stéphanie Baud | Laboratoire SiRMa, UMR CNRS/URCA N° 7369
Le récepteur de l’élastine (RE) est un complexe trimérique constitué de l’association de 3 protéines : l’EBP (Elastin Binding Protein), la protéine protectrice cathépsine A et la neuraminidase-1. Ce récepteur hétérodimérique est impliqué dans le métabolisme de divers ligands et présente un mécanisme d’action très spécifique et compliqué mettant en jeu une cascade de processus dans le cadre de l’interaction avec les molécules d’élastine, de tropoélastine ou des peptides issus de leurs dégradations. Ce récepteur de l’élastine participe également activement aux phénomènes de signalisation cellulaire lors de différentes pathologies et de phénomènes tumoraux ou lors des processus associés au vieillissement.
Actuellement, il n’existe aucune information structurale tridimensionnelle concernant l'EBP ou la neuraminidase-1 humaines. Afin de caractériser, d'un point de vue moléculaire les interactions entre le RE et les peptides issus de la dégradation de la matrice extra cellulaire (aussi appelés matrikines), nous avons dans un premier temps procédé à des alignements multiples ; ces derniers ont permis de proposer une structure de l'EBP (sous unité en interaction avec les matrikines) construite par homologie. Nous avons ensuite utilisé l'amarrage moléculaire (ou docking) qui nous a permis non seulement de mettre en évidence la zone d'interaction entre l'EBP et la matrikine VGVAPG mais aussi de décortiquer les mécanismes moléculaires clés du processus de fixation.
Mots Clés : Récepteur de l’élastine, Cancer – Vieillissement, Modélisation Moléculaire
11h05 | User case of optimization in Parallel Programming in CEPP,
Romain VASSEUR | Bull SAS Echirolles - Laboratoire SiRMa - Unité MEDyC - UMR CNRS 7369 Reims
11h30 | Un cluster de calcul pour faire de la visualisation distante, temps réel, photo-réaliste et ultra-haute définition.
Arnaud Renard | URCA - CReSTIC - ROMEO
Retour d'expériences de collaborations industrielles :
Leveraging a Super Computer to Achieve Real Time Interaction for a Digital Peugeot Car with Full Global Illumination
Benoit Deschamps | PSA Peugeot Citroen
Alain Gonzalez | PSA Peugeot Citroen
Arnaud Renard | URCA - CReSTIC - ROMEO
Michael Krajecki | URCA - CReSTIC - ROMEO
Julien Berta | Mechdyne
PSA Peugeot Citroen in partnership with Reims University, RTT and Barco will show a car model in Real Time Full GI using the Romeo supercomputer based in Reims, France equipped with 260 Tesla K20s. The car model will be loaded into RTT DeltaGen which will be connected to Reims through a remote display to leverage the horse power of the GPU Cluster. Tapping into this power on demand allows Peugeot to achieve stunning photorealistic results in real time, as if the real vehicle was right in front of them. With this, design changes for materials and colors can be visualized instantly and decisions can be made faster.
Real-time GI for everyone. A progressive journey of High-Performance Computing (HPC) integration
Benoit Deschamps | PSA Peugeot Citroen
Lars König | 3DXCITE
Witness how the new XPLORE PICTUREBOOK front-end facilitates visual browsing and asset collaboration from any PC or tablet device. This joint session with PSA will introduce a proof-of-concept integration utilizing QUANTUM-STELLAR cloud rendering to achieve real-time GI visualization for everyone.
12h00 | Résolution de problèmes combinatoires sur architectures multi-GPU
Christophe Jaillet | URCA - CReSTIC
Julien Loiseau | URCA - CReSTIC
La résolution des problèmes combinatoires souffre d'une explosion combinatoire et requiert donc une puissance de calcul toujours plus importante. Ainsi l'apport du parallélisme est une piste importante, et de nombreux travaux permettent d'en tirer avantage. Il est donc naturel d'envisager d'utiliser des accélérateurs manycore de type GPU, qui sont les architectures de calcul actuelles les plus performantes. Cependant, les tâches à traiter en parallèles sont potentiellement très irrégulières, et le portage de la résolution sur GPU est donc en soi un challenge. Notre approche est générique ; elle permet de considérer un problème combinatoire comme un CSP (Problème de Satisfaction de Contrainte), et de le résoudre sur un cluster de calcul multiGPU. Dans cet exposé nous présenterons cette approche, et donnerons des détails sur les algorithmes mis en jeu et leur implémentation ; nous aborderons en particulier la résolution du problème de Langford et présenterons les résultats actuels, ainsi que les perspectives de ce travail.
14h00 : GPU à IFP Energie Nouvelle : "VASP", "Solveur Linéaire pour la simulation réservoir" et "Reconstruction tomographique et filtrage pour l'analyse de matériaux poreux "
Thomas GUIGNON | IFP Energie Nouvelle
Francois COKELAER | IFP Energie Nouvelle
La simulation numérique est un outil transverse stratégique pour IFP Energies Nouvelles aussi bien dans la recherche que pour les applications industrielles. Associée aux études expérimentales, celle-ci aide à comprendre finement les phénomènes physiques complexes. C'est aussi une aide importante à la mise au point et le test de solutions techniques innovantes et prospectives avant leur réalisation. Dès lors, l'utilisation efficiente de moyens de calcul modernes et performants est d'une importance majeure. L'évolution de la performance des moyens de calcul passe désormais par les processeurs multi-core mais aussi par les unités de calcul massivement parallèles (les cartes accélératrices type many-core ou GPGPU). Cette évolution introduit de nouvelles difficultés à gérer portant sur d'une part les outils et modèles de programmation pertinents pour ces nouvelles architectures et d'autres part les algorithmes utilisés, leurs degrés de parallélisme et leurs adéquations aux architectures sous-jacentes.
Pour mener à bien ses missions, IFPEN a développé une forte expertise dans la conception et le développement d'algorithmes et logiciels performants adaptés aux nouvelles architectures. Ces simulateurs s'intègrent dans les priorités stratégiques d'IFPEN comme « ressources durables » (les simulateur de réservoir et de bassin) où la résolution de système linéaire constitue le coût de calcul le plus important de la simulation ou bien « procédés éco-efficients » (les outils pour les futures générations de catalyseurs et le simulateur dynamique moléculaire)
14h30 | Visualisation ROMEO d'objets médicaux pour le projet ICOS (titre à confirmer)
Laurent Lucas | URCA - CReSTIC - Centre Images
15h00 | Simulation numérique par la méthode FPM du procédé de moussage des pièces insonorisantes pour l’automobile - projet SIMUL_MOUSSAGE avec Faurecia (08 Mouzon)
Hichem ABDESSALAM | URCA
15h50 | Comment lancer ses calculs et ses sessions de visualisation ROMEO en 2 clics ?
Marie Granier | Sysfera
Benjamin Depardon | Sysfera
Arnaud Renard | URCA - ROMEO
Le mésocentre ROMEO se contrôle maintenant au doigt ou à la souris grâce au portail Sysfera-DS. Au travers d'une démonstration, nous présenterons l'outil installé depuis quelques semaines sur le cluster Roméo du Centre de Calcul ROMEO. Cet outil permet aux utilisateurs de gérer leurs simulations de bout en bout : création du modèle, calcul batch à la visualisation des résultats. Bien sûr, c'est un outil intéressant pour les débutants mais aussi très puissant et personnalisable pour les utilisateurs les plus expérimentés.
16h20 | Conception d'activateurs du système immunitaire : Méta-analyse de simulations de complexes formés par la protéine CD1d et des glycolipides dérivés du KRN7000.
Eric Henon | URCA - ICMR
Xavier Laurent | ICPAL - Lille
Accès
Adresse : Amphithéatre 2, batiment 4, UFR Sciences Exactes et Naturelles, Campus Moulin de la Housse.
Accès voiture : Entrée sur le campus par l'Avenue de l'Yser (n. 129, rond point / intersection Avenue de l'Europe).
Accès bus : Ligne direction Moulin de la Housse. Sortie Faculté des Sciences.
Ensuite : Entrer sur le Campus, Prendre à droite sur le parking et se diriger vers le batiment rond. Suivez le fléchage.
