Notre partenaire NVIDIA nous informe des actualités sur les versions GPU des logiciels :
Concernant le Molecular Dynamics :
Si cela vous avait échappé, la nouvelle version Gromacs 2020 apporte jusqu’à près de 3X de gain de performance comparé à la version précédente :
https://devblogs.nvidia.com/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020/
La nouvelle version NAMD V3 qui tire encore mieux bénéfice des GPU !
Et les derniers benchmark de VASP 6.1 sur A100 (version 6.1 qui date de ce début d’année)
Tinker-HP a été accéléré GPU lors du contrat de progrès pour Jean Zay et continue de s’améliorer – promet des performances remarquables sur un DGX A100 !
Vous trouverez un webinaire très intéressant délivré par le Pr Piquemal sur Tinker HP ici : Serie de Webinaire NVIDIA sur le COVID
Cherchez le webinaire “ Using GPU-Powered Tinker-HP at Sorbonne University for COVID-19 Research”
Concernant le Molecular Docking,
une version accélérée Autodock a vu le jour https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU/tree/cuda sous l’impulsion d’Oak Ridge National Lab sur Summit avec la collaboration d’NVIDIA, pour la recherche contre le COVID.
Qui délivre entre 3X et 20X (en moyenne 10X) d’accélération en fonction des données d’entrée.
Autodock GPU est mono GPU, mais l’esprit est de lancer plusieurs simulations en // sur plusieurs GPUs / nœuds.
