Protein-membrane interactions : a computational view

Le Professeur Roman G.EFREMOV présentera ses travaux le Mercredi 13 février 2013 à 11h00, Salle AR06, Bat 18, UFR Sciences.
 

Our main areas of research concern computer simulations of structure/dynamics/functioning of proteins and membranes, and particularly their interactions. During the last decades, we have focus our works on the developments and applications of theoretical membrane models that allow to mimicry different conditions and lead to numerous different simulations of the possible interactions between peptides and/or proteins and membranes. In the same time, we have dedicated our works studiyng protein-‐protein interactions in membranes: thus we are able to define mapping and visualization of hydrophobic properties of biomolecular systems in these conditions. During that talk we will present the methodologies used and developed in our group and focus on different specific case in order to illustrate theses approaches.

Ouverture des accès préparatoires sur les calculateurs de GENCI

GENCI fait évoluer les possibilités d’accès aux supercalculateurs des centres nationaux : à compter de début février 2013, vous pouvez demander un « accès préparatoire » sur l’un des supercalculateurs, à savoir Jade au CINES, Curie au TGCC, Ada et Turing à l’IDRIS. Ces accès vous permettront de disposer d’une allocation d’heures afin de porter, optimiser ou tester vos applications sur l’un de ces calculateurs.

Ces allocations seront de :

• 15 000 h maximum sur Ada, Jade et Curie Noeuds Larges
• 50 000 h maximum sur Curie Noeuds Fins et Turing

Le Master 2 DAR à l'honneur au concours Intel

Axel Shaïta et Pierre Besses ont porté haut les couleurs du Master 2 Informatique DAR en terminant à la quatrième place du concours de programmation parallèle parallel programming and software optimization contest organisé par Intel.

En plus du notebook que chacun d'eux remporte, ils se sont assuré une bonne note dans le module de programmation parallèle. Dès l'annonce officielle du résultat, ils se sont vu remettre leur diplôme de la main de leur enseignant, le Professeur Michaël Krajecki, dans les locaux du Centre de Calcul de Champagne-Ardenne ROMEO (photo).

Contrats doctoraux 2013 de la Maison de la Simulation

La Maison de la Simulation offre des contrats doctoraux pour la rentrée 2013.

Les doctorants seront accueillis à la MdS où ils bénéficieront d’un contexte scientifique stimulant et d’un support matériel et technique.

Cet appel s’adresse à tous les chercheurs ou enseignants-chercheurs proposant des sujets dans les thématiques de la Maison de la Simulation et disposés à s’investir dans une collaboration active avec la MdS à travers un encadrement de thèse.

Les sujets impliquant conjointement le calcul hautes performances et un domaine d’application sont particulièrement encouragés.

Formation Débogage du 28 au 30 janvier 2013

Du 28 au 30 janvier 2013, la Maison de la Simulation organise en collaboration avec le Goupe Calcul et dans le cadre du projet Equip@meso, une formation "Débogage".

L'objectif de cette formation est de donner les connaissances minimales pour déboguer efficacement des codes de calcul.

Nous présenterons la construction et l'architecture d'un programme et différents outils de débogage libres et un outil orienté HPC. Nous couvrirons le spectre depuis la programmation séquentielle jusqu'à la programmation parallèle (MPI et OpenMP).

Les outils présentés en cours seront utilisés lors de séances de travaux pratiques