Présentation de cet atelier (article):

Cette formation s’adresse en priorité aux doctorants et postdoctorants, expérimentateurs en chimie organique, biochimie, pouvant ponctuellement avoir recours à la modélisation dans le cadre de leur travail de recherche.

Objectifs de formation :

• Introduction de la pratique du logiciel de calcul de chimie quantique « Gaussian » et du logiciel de visualisation « Molden » :
1. optimisation de géométries, prédiction de charges, visualisation d'orbitales moléculaires
   
2. prédiction de spectres IR et RMN
   
3. introduction à la recherche d'un état de transition
• Compréhension des enjeux (modèles théoriques et chimiques, paramètres calculatoires, ressources informatiques) liés à la modélisation des propriétés physico-chimiques avec les approches de la chimique quantique.
• Sensibilisation aux noms des méthodes et niveaux de calcul rencontrés dans la littérature

Grands axes du programme :

Ces ateliers seront basés sur des travaux pratiques uniquement. La partie théorique se limitera à des « rappels » au cours des séances.

Un volet pratique, « structural », introduira les bases pour construire et visualiser une molécule dans l'espace grâce au logiciel graphique « Molden ». La notion d'optimisation de géométrie sera traitée dans la foulée dans le cas de la recherche de minima, et les notions associées seront abordées (notions de convergence, point stationnaire, nature d'un point stationnaire, ...). C'est au cours de ce premier volet que seront abordées les notions minimales informatiques nécessairement liées à la pratique de la modélisation.

Un autre volet sera orienté vers l'exploitation des calculs pour l'obtention de propriétés des molécules étudiées (charges, spectres IR, RMN, orbitales frontières, ...).

Une introduction à la recherche d'un état de transition sera réalisée au cours de la dernière partie.

Chaque participant aura également la possibilité de soumettre un « projet personnel » dont la faisabilité sera discutée au cours de la formation. Des supports de travaux pratiques seront remis aux participants avant le début de la formation (disponible ici)

Vous désirez participer à cet atelier ou simplement poser quelques questions aux organisateurs :

Eric Henon (ICMR, UMR CNRS 6229) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ou http://www.henon.free.fr

http://www.romeo2.fr/survey/index.php?sid=33292&lang=fr

Florence Kussener ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), Ingénieur d’applications et

Gilles Guillemain ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), directeur commercial, nous ont présenté les nouveautés et les principales fonctionnalités des outils.

Notre contact commercial est Frederique Leroy ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), n'hésitez pas à la contacter pour toute question.

Au cours de séminaire les principales fonctionnalités (parmi les 2000 présentes dans l'outil) ont été détaillées :

Report Générator : permet de générer des rapports (latex, ppt, html) automatiquement à partir d'un calcul, le texte mis en commentaire dans le code MatLab est inséré dans le rapport.

Guide permet de créer des interfaces spécifiques.

Il est possible de faire des appels externes à des fonctions écrites en fortran et de déployer les programmes MatLab sous différents formats (dll, exe, java, excel).

La Curve fitting toolbox (étude de la corrélation d'une série de données), la Statistic toolbox (800 fonctionnalités à elle seule pour spécifier données et résultats), la Bioinformatics toolbox, l'optimisation toolbox (optimisation discrète ou continue) on été présentées.

L'architecture MATLAB Distributed Computing Server a été présentée. Une fois le serveur équipé avec un certain nombre de jetons de workers, un utilisateur MatLab peut y soumettre des calculs à condition d'être équipé du Parallel Computing Toolbox. Quelques approches de programmation parallèle MatLab ont été présentées.

Voici quelques liens utiles :

• Accès au site The MathWorks : http://www.mathworks.fr/academia/
• Fiche produits : http://www.mathworks.fr/products/
• Accès aux « tutoriaux » (formations en ligne, gratuites) : http://www.mathworks.fr/academia/student_center/tutorials/
• Liste des formations, faites dans les locaux de MatLab, et encadrées par un formateurs : disponible ici
• Lien vers « Matlab Central », la communauté des utilisateurs : http://www.mathworks.fr/matlabcentral/
• La présentation que vous avez pu voir lors du séminaire : disponible ici

Programme / Affiche de l'évènement

Salle AR06, bâtiment 18 (Europol'agro), UFR Sciences (plan au bas de l'article), de 9h00 à 16h30

Pour tout renseignement :
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http://www.henon.free.fr

9h30 Accueil dans au bâtiment 18, salle AR06

10h00 – 10h40 - Nicolas Belloy

Computational studies of amyloidogenic sequences of Elastin

MEDyC - SiRMa - UMR CNRS 6237 - Unviversity of Reims Champagne-Ardenne - Moulin de la Housse BP 39- 51687 Reims cedex 2 - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

10h40 – 11h20 - Jerome Golebiowski

Binding mechanism and affinity predictions in strongly hydrophobic biomolecular systems ::résumé::

LCMBA,Team Chemometrics and Molecular Modeling UMR CNRS - University of Nice Sophia Antipolis 6001 - Parc Valrose 06108 Nice CEDEX 2, FRANCE - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

11h20 – 12h00 - Roman Efremov

Novel scoring functions in protein-ligand docking

Laboratory of Biomolecular Modeling, Structural Biology Division at the M.M. Shemyakin and Yu.A. Ovchinnikov Institute, MOSCOU - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

14h00 – 14h40 - Arjan van der Vaart

Unfolding upon binding: Computer simulations of the unusual binding mechanism of the Ets-1 transcription factor

Center for Biological Physics Department of Chemistry and Biochemistry Arizona State UniversityP.O. Box 871604 - Tempe, AZ 85287-1604 - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

14h40 – 15h20 - Serge Antonczak

Theoretical Investigations of Enzymatic Mechanisms involving flavonoïds ::résumé::

LCMBA-UMR CNRS 6001. Faculté des Sciences, University of Nice-Sophia Antipolis 06108 Nice Cedex 2, France - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

15h20 – 16h00 - Gérald Monard

Molecular Modeling of the catalytic mechanism of urate oxidase

Chaque participant aura également la possibilité de soumettre un « projet personnel » dont la faisabilité sera discutée au cours de la formation. Des supports de travaux pratiques seront remis aux participants avant le début de la formation (disponible ici)

Vous désirez participer à cet atelier ou simplement poser quelques questions aux organisateurs :

Eric Henon (ICMR, UMR CNRS 6229) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ou http://www.henon.free.fr

Le projet d'infrastructure européenne de calcul haute performance PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe) a été lancé au début de l'année 2008. Sa mission est d'organiser le calcul scientifique européen pour fournir aux chercheurs de la communauté des moyens comparables à ceux dont disposent les autres grandes puissances. L'objectif annoncé est l'émergence en 2009 d'un centre de classe Petaflopique (un million de milliards d'opérations à virgule flottante par seconde) dans l'un des pays de l'Europe. PRACE regroupe 15 pays européens, et comme l'avait souligné le président français voila quelques semaines, le couple franco-allemand en est le leader. Les deux pays collaborent donc pour accueillir les deux premières machines en 2009 et 2010, ce qui ne manquera pas de faire émerger des projets industriels communs aux deux pays et à l'Europe, sur le modèle d'EADS par exemple. A moyen terme, ce sont 3 à 5 machines de ce type qui seront disponibles sur le sol européen, la Grande-Bretagne, l'Espagne et les Pays-Bas étant désireux de les accueillir.

La France a récemment accéléré son investissement et compte déjà un centre de calcul de taille internationale. Il s'agit du CJ2L (Centre national Jacques Louis Lions), né du regroupement entre le CCRT (Centre de calcul « recherche et technologie » du CEA) et l'IDRIS (Institut du Développement et des Ressources en Informatique Scientifique du CNRS). Le regroupement sera concrétisé en 2008.

Le Pétaflop sera au cœur de la journée Penser Pétaflop organisée conjointement par le CNRS et le CEA le 13 mai à l'Institut Pasteur.

>> Inscription et renseignement

Ce colloque se place dans la perspective des initiatives européennes visant à l’implantation de machines « pétaflopiques » sur notre continent. Il a pour principal objectif d’accompagner la première phase de la prospective nationale en matière de Calcul Intensif (CI). L’objectif est de créer une communauté dynamique d'utilisateurs permettant de positionner la France pour accueillir rapidement sur le territoire national une machine de cette puissance à l’usage de la recherche scientifique. Il s’agit, entre autres, d’identifier et de caractériser :

S'appuyant sur une consultation large de la communauté scientifique nationale, des industriels concernés et de quelques collègues européens, ce colloque sera complété pas deux jours de rendus d’ateliers, en novembre 2008 permettant d'explorer, de manière concertée, les enjeux et les modalités d’actions, et de recommander des actions concrètes.