Atelier pratique modelisation moleculaire
Pratique du logiciel Gaussian
Atelier thématique Reims - 2008
Le centre de calcul régional ROMEO et la plate forme « Modélisation » (PPF modélisation) ont organisé conjointement un atelier thématique "Modélisation des propriétés de molécules : pratique du logiciel Gaussian". Trois journées pratiques ont été organisées sur ce thème. La première avait lieu le mercredi 30 avril 2008, voici quelques photos des doctorants, post-doctorants et jeunes chercheurs qui y ont participé en nombre.
Présentation de cet atelier (article):
Cette formation s’adresse en priorité aux doctorants et postdoctorants, expérimentateurs en chimie organique, biochimie, pouvant ponctuellement avoir recours à la modélisation dans le cadre de leur travail de recherche.
Objectifs de formation :
- Introduction de la pratique du logiciel de calcul de chimie quantique « Gaussian » et du logiciel de visualisation « Molden » :
- optimisation
de géométries, prédiction de charges, visualisation d'orbitales moléculaires
- prédiction de spectres IR et RMN
- introduction à la recherche d'un état de transition
- Compréhension des enjeux (modèles théoriques et chimiques, paramètres calculatoires, ressources informatiques) liés à la modélisation des propriétés physico-chimiques avec les approches de la chimique quantique.
- Sensibilisation aux noms des méthodes et niveaux de calcul rencontrés dans la littérature
Grands axes du programme :
Ces ateliers seront basés sur des travaux pratiques uniquement. La partie théorique se limitera à des « rappels » au cours des séances.
Un volet pratique, « structural », introduira les bases pour construire et visualiser une molécule dans l'espace grâce au logiciel graphique « Molden ». La notion d'optimisation de géométrie sera traitée dans la foulée dans le cas de la recherche de minima, et les notions associées seront abordées (notions de convergence, point stationnaire, nature d'un point stationnaire, ...). C'est au cours de ce premier volet que seront abordées les notions minimales informatiques nécessairement liées à la pratique de la modélisation.
Un autre volet sera orienté vers l'exploitation des calculs pour l'obtention de propriétés des molécules étudiées (charges, spectres IR, RMN, orbitales frontières, ...).
Une introduction à la recherche d'un état de transition sera réalisée au cours de la dernière partie.
Chaque participant aura également la possibilité de soumettre un « projet personnel » dont la faisabilité sera discutée au cours de la formation. Des supports de travaux pratiques seront remis aux participants avant le début de la formation (disponible ici)
Vous désirez participer à cet atelier ou simplement poser quelques questions aux organisateurs :
Eric Henon (ICMR, UMR CNRS 6229) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ou http://www.henon.free.fr
Le centre de calcul régional ROMEO www.romeo2.fr26/12/2008 Actualité
Séminaire MatLab
Merci à la quarantaine de participants qui se sont retrouvés à l'UFR Sciences pour le séminaire MatLab le mardi 29 avril.
Merci aussi de répondre au petit questionnaire que nous avons préparé pour mieux évaluer vos besoins.
http://www.romeo2.fr/survey/index.php?sid=33292&lang=fr
Florence Kussener
(
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), Ingénieur d’applications et
Gilles Guillemain ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), directeur commercial, nous ont présenté les nouveautés et les principales fonctionnalités des outils.
Notre contact commercial est Frederique Leroy ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), n'hésitez pas à la contacter pour toute question.
Au cours de séminaire les principales fonctionnalités (parmi les 2000 présentes dans l'outil) ont été détaillées :
Report Générator : permet de générer des rapports (latex, ppt, html) automatiquement à partir d'un calcul, le texte mis en commentaire dans le code MatLab est inséré dans le rapport.
Guide permet de créer des interfaces spécifiques.
Il est possible de faire des appels externes à des fonctions écrites en fortran et de déployer les programmes MatLab sous différents formats (dll, exe, java, excel).
La Curve fitting toolbox (étude de la corrélation d'une série de données), la Statistic toolbox (800 fonctionnalités à elle seule pour spécifier données et résultats), la Bioinformatics toolbox, l'optimisation toolbox (optimisation discrète ou continue) on été présentées.
L'architecture MATLAB Distributed Computing Server a été présentée. Une fois le serveur équipé avec un certain nombre de jetons de workers, un utilisateur MatLab peut y soumettre des calculs à condition d'être équipé du Parallel Computing Toolbox. Quelques approches de programmation parallèle MatLab ont été présentées.
Voici quelques liens utiles :
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Accès au site The MathWorks : http://www.mathworks.fr/academia/
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Fiche produits : http://www.mathworks.fr/products/
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Accès aux « tutoriaux » (formations en ligne, gratuites) : http://www.mathworks.fr/academia/student_center/tutorials/
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Liste des formations, faites dans les locaux de MatLab, et encadrées par un formateurs : disponible ici
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Lien vers « Matlab Central », la communauté des utilisateurs : http://www.mathworks.fr/matlabcentral/
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La présentation que vous avez pu voir lors du séminaire : disponible ici
Biomolecular modeling and simulation
La conférence internationale Biomolecular modeling and simulation
s'est déroulée à Reims, le vendredi 30 mai 2008 à partir de 9h30. Six conférenciers (Russie, Etats-Unis, France) ont présenté des résultats et méthodologies dans le domaine. Retrouvez l'album photo de l'évènement.
Programme / Affiche de l'évènement
Salle AR06, bâtiment 18 (Europol'agro), UFR Sciences (plan au bas de l'article), de 9h00 à 16h30
Pour tout renseignement :
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http://www.henon.free.fr
9h30 Accueil dans au bâtiment 18, salle AR06
10h00 – 10h40 - Nicolas Belloy
Computational studies of amyloidogenic sequences of Elastin
MEDyC - SiRMa - UMR CNRS 6237 - Unviversity of Reims Champagne-Ardenne - Moulin de la Housse BP 39- 51687 Reims cedex 2 - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
10h40 – 11h20 - Jerome Golebiowski
Binding mechanism and affinity predictions in strongly hydrophobic biomolecular systems ::résumé::
LCMBA,Team Chemometrics and Molecular Modeling UMR CNRS - University of Nice Sophia Antipolis 6001 - Parc Valrose 06108 Nice CEDEX 2, FRANCE - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
11h20 – 12h00 - Roman Efremov
Novel scoring functions in protein-ligand docking
Laboratory of Biomolecular Modeling, Structural Biology Division at the M.M. Shemyakin and Yu.A. Ovchinnikov Institute, MOSCOU - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
14h00 – 14h40 - Arjan van der Vaart
Unfolding upon binding: Computer simulations of the unusual binding mechanism of the Ets-1 transcription factor
Center for Biological Physics Department of Chemistry and Biochemistry Arizona State UniversityP.O. Box 871604 - Tempe, AZ 85287-1604 - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
14h40 – 15h20 - Serge Antonczak
Theoretical Investigations of Enzymatic Mechanisms involving flavonoïds ::résumé::
LCMBA-UMR CNRS 6001. Faculté des Sciences, University of Nice-Sophia Antipolis 06108 Nice Cedex 2, France - Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
15h20 – 16h00 - Gérald Monard
Molecular Modeling of the catalytic mechanism of urate oxidase
Theoretical Chemistry and Biochemistry Group SRSMC, Nancy-University, CNRS Boulevard des Aiguillettes B.P. 239 F-54506 Vandoeuvre-les-Nancy, FRANCE
Moulin de la Housse - UFR Sciences Exactes et Naturelles
Université de Reims Champagne-Ardenne.
Il s'agit du batiment blanc situé chemin des Rouliers
En bus, ligne D arrêt fac des sciences ou ligne R arrêt IUT et CNAM ou ligne E arrêt Moulin de la Housse.
En voiture, le batiment 18 est situé au bout du chemin des Rouliers (rue des Crayeres), proche du terrain de football.
Position 49°14'33.34"N - 4° 3'42.19"E. ::lien googleEarth
Plans pour accéder à la faculté des Sciences, Bâtiment 18.
24/12/2008 Actualité
Atelier pratique modelisation moleculaire
Modélisation des propriétés de molécules : pratique du logiciel Gaussian
Atelier thématique Reims - 2008
Le mercredi 30 avril 2008, le centre de calcul régional ROMEO et la plate forme « Modélisation » (PPF modélisation) organisent conjointement un atelier thématique "Modélisation des propriétés de molécules : pratique du logiciel Gaussian". Il s'agit de la première des trois ou quatre journées pratique organisée sur ce thème en 2008.
Cette formation s’adresse en priorité aux doctorants et postdoctorants, expérimentateurs en chimie organique, biochimie, pouvant ponctuellement avoir recours à la modélisation dans le cadre de leur travail de recherche.
Objectifs de formation :
- Introduction de la pratique du logiciel de calcul de chimie quantique « Gaussian » et du logiciel de visualisation « Molden » :
- optimisation
de géométries, prédiction de charges, visualisation d'orbitales moléculaires
- prédiction de spectres IR et RMN
- introduction à la recherche d'un état de transition
- Compréhension des enjeux (modèles théoriques et chimiques, paramètres calculatoires, ressources informatiques) liés à la modélisation des propriétés physico-chimiques avec les approches de la chimique quantique.
- Sensibilisation aux noms des méthodes et niveaux de calcul rencontrés dans la littérature
Grands axes du programme :
Ces ateliers seront basés sur des travaux pratiques uniquement. La partie théorique se limitera à des « rappels » au cours des séances.
Un volet pratique, « structural », introduira les bases pour construire et visualiser une molécule dans l'espace grâce au logiciel graphique « Molden ». La notion d'optimisation de géométrie sera traitée dans la foulée dans le cas de la recherche de minima, et les notions associées seront abordées (notions de convergence, point stationnaire, nature d'un point stationnaire, ...). C'est au cours de ce premier volet que seront abordées les notions minimales informatiques nécessairement liées à la pratique de la modélisation.
Un autre volet sera orienté vers l'exploitation des calculs pour l'obtention de propriétés des molécules étudiées (charges, spectres IR, RMN, orbitales frontières, ...).
Une introduction à la recherche d'un état de transition sera réalisée au cours de la dernière partie.
Chaque participant aura également la possibilité de soumettre un « projet personnel » dont la faisabilité sera discutée au cours de la formation. Des supports de travaux pratiques seront remis aux participants avant le début de la formation (disponible ici)
Vous désirez participer à cet atelier ou simplement poser quelques questions aux organisateurs :
Eric Henon (ICMR, UMR CNRS 6229) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ou http://www.henon.free.fr
Le centre de calcul régional ROMEO www.romeo2.fr23/12/2008 Actualité