Molden
MOLDEN
MOLDEN est un programme de pré et post traitement pour les structures moléculaires. Molden est un logiciel de visualisation chimique permettant l'affichage de géométries, d'orbitales, de cartes de densité, de vibrations, etc., obtenues avec la plupart des logiciels de chimie ( ADF , Gamess, Gaussian, Mopac). Pour l'utiliser, un environnement graphique est nécessaire.
La version 4.6 est installée dans /opt/molden de romeo1
site officiel : http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
La programmation parallèle expliquée par Intel
Intel et ZDnet ont mis en ligne une série de vidéos didactiques sur le parallélisme.
James Reinders nous parle des processeurs multi-core, du parallélisme des tâches et des donnée, de la loi d'Amdahl, la programmation parallèles, les API disponibles ...
Il s'agit bien sur de la vision d'un constructeur sur le domaine, et les outils Intel sont présentés. La dernière vidéo, en anglais uniquement, présente le modèle récent des Building Blocks.
Les processeurs multi-cœurs font-ils partie de notre quotidien ?
Le Directeur d’Intel James Reinders cherche les limites de la puissance, de la mémoire et du parallélisme au niveau de l’instruction qui nous forcent à aller vers les processeurs multi-cœurs, et explique pourquoi il peut être parfois plus sensé d’underclocker, de ne pas overclocker...
Comprendre le parallélisme des tâches et des données
Le Directeur d’Intel James Reinders explique la différence entre le parallélisme des tâches et des données, et comment il est possible de se débrouiller avec les limites imposées par la loi d’Amdahl...
Les approches abstraites du parallélisme
James Reinders explique que l’une des choses à éviter lorsque l’on fait du parallélisme est de travailler avec des threads de base. L’abstraction offre une solution à ce problème, en évitant d’avoir besoin de gérer les aspects de bas niveau des systèmes parallèles...
Trois choses à savoir sur le parallélisme
James Reinders dit que l’aptitude à la montée en charge, la correction et la maintenabilité sont des questions fondamentales lorsqu’il s’agit de gérer des systèmes multi-cœurs...
Réussir en programmation parallèle
James Reinders d’Intel présente des sujets récurrents aux développeurs qui cherchent à améliorer leur jeu lorsqu’il s’agit de programmer des systèmes parallèles...
Les bases de la programmation parallèle : Première partie
James Reinders d’Intel examine les algorithmes qui constituent le cœur du jeu de construction du threading - une bibliothèque de modèles en C++ pour la programmation parallèle.
Les bases de la programmation parallèle : Deuxième partie
James Reinder d’Intel détaille le jeu de construction du threading - une bibliothèque de modèles en C++ pour la programmation
Des APIs pour la programmation parallèle
James Reinders d’Intel observe la Message Passing Interface (MPI), une API pour le parallélisme.
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Intel® Threading Building Blocks (Intel® TBB) is a C++ template-based
runtime library that simplifies threading for scalable, multi-core
performance.
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lien : http://www.zdnet.fr/special/whiteboard-intel/
Journées Méso-centres
Le Groupe Calcul, en collaboration avec ResInfo organise une journée de rencontre autour du thème suivant : l’organisation et l’activité des méso-centres de calcul en France.
Cette journée a pour but de présenter le paysage des moyens de calcul français, notamment les pôles de calcul régionaux. Les exposés permettront de présenter différents éclairages sur les intérêts multiples de ce type de moyens de calcul.
ROMEO sera présenté à cette occasion.
Elle aura lieu le 13 février 2008, à l’IHP. Retrouvez tous les détails sur le site du groupe Calcul.
Fluent et TGrid
Fluent est un logiciel de modélisation en mécanique des fluides.
Ce logiciel est juste le solveur, il ne maille pas le système. Le maillage doit être réalisé avec un mailleur, Gambit par exemple, qui est réalisé par le même éditeur. Le paramétrage se fait par une interface graphique. Ce logiciel permet la mise en place de script pour automatiser les processus de calcul.
Fluent est sans doute le logiciel de simulation numérique de mécanique des fluides le plus abouti du marché. Il est même depuis peu intégré dans la fameuse suite de logiciel de simulation ANSYS.
Sa force vient du très grand nombre de modèles disponibles, pouvant faire face à de très nombreux aspects de la mécanique des fluides : Ecoulement diphasique (miscible, non miscible, cavitation, solidification), turbulence (LES, KE, Kw, SA, Reynolds stress ?), combustion (pré mélangé et non pré mélangé), transport de particules, écoulement en milieux poreux, maillages mobiles et dynamiques avec reconstruction du maillage... Les schémas temporels et spatiaux peuvent de plus être modifiés pour améliorer la convergence.
Il est de plus parallélisé et permet donc de tirer parti de systèmes multiprocesseurs aussi bien au sein d?une seule machine qu?en réseau (cluster, dualcore, plateforme multi CPU). (source Wikipedia)
Documentation
UDF Manger/Tgrid_Doc_install-unix-5.0/tgrid5.0/help/tutfiles/wedge.zipual
Tgrid 5.0 Documentation
Installation
Fluent est installé sur romeo1, voici quelques infos :
[renard@romeo1 ~]$ fluent -v
/opt/Fluent.Inc/fluent6.3.21/bin/fluent -r6.3.21 -v
The versions available in /opt/Fluent.Inc/fluent6.3.21/lnia64 are:
2d 2ddp_host 2d_host 3d 3ddp_host 3d_host
2ddp 2ddp_node 2d_node 3ddp 3ddp_node 3d_node
la licence est installée sur le port 7241@romeo1, nous avons 1 licence Fluent, 1 licence Gambit, 1 licence TGrid et 1 licences Fluent All
Utilisation
Voici un fichier de soumission ou /home_nfs/zaidi/3Dim/SST/SST14.txt est le fichier journal :
#!/bin/sh
#PBS -N SST14
#PBS -r n
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
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