Présentation de cet atelier (article):

Cette formation s’adresse en priorité aux doctorants et postdoctorants, expérimentateurs en chimie organique, biochimie, pouvant ponctuellement avoir recours à la modélisation dans le cadre de leur travail de recherche.

Objectifs de formation :

• Introduction de la pratique du logiciel de calcul de chimie quantique « Gaussian » et du logiciel de visualisation « Molden » :
1. optimisation de géométries, prédiction de charges, visualisation d'orbitales moléculaires
   
2. prédiction de spectres IR et RMN
   
3. introduction à la recherche d'un état de transition
• Compréhension des enjeux (modèles théoriques et chimiques, paramètres calculatoires, ressources informatiques) liés à la modélisation des propriétés physico-chimiques avec les approches de la chimique quantique.
• Sensibilisation aux noms des méthodes et niveaux de calcul rencontrés dans la littérature

Grands axes du programme :

Ces ateliers seront basés sur des travaux pratiques uniquement. La partie théorique se limitera à des « rappels » au cours des séances.

Un volet pratique, « structural », introduira les bases pour construire et visualiser une molécule dans l'espace grâce au logiciel graphique « Molden ». La notion d'optimisation de géométrie sera traitée dans la foulée dans le cas de la recherche de minima, et les notions associées seront abordées (notions de convergence, point stationnaire, nature d'un point stationnaire, ...). C'est au cours de ce premier volet que seront abordées les notions minimales informatiques nécessairement liées à la pratique de la modélisation.

Un autre volet sera orienté vers l'exploitation des calculs pour l'obtention de propriétés des molécules étudiées (charges, spectres IR, RMN, orbitales frontières, ...).

Une introduction à la recherche d'un état de transition sera réalisée au cours de la dernière partie.

Chaque participant aura également la possibilité de soumettre un « projet personnel » dont la faisabilité sera discutée au cours de la formation. Des supports de travaux pratiques seront remis aux participants avant le début de la formation (disponible ici)

Vous désirez participer à cet atelier ou simplement poser quelques questions aux organisateurs :

Eric Henon (ICMR, UMR CNRS 6229) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ou http://www.henon.free.fr

http://www.romeo2.fr/survey/index.php?sid=33292&lang=fr

Florence Kussener ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), Ingénieur d’applications et

Gilles Guillemain ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), directeur commercial, nous ont présenté les nouveautés et les principales fonctionnalités des outils.

Notre contact commercial est Frederique Leroy ( Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir ), n'hésitez pas à la contacter pour toute question.

Au cours de séminaire les principales fonctionnalités (parmi les 2000 présentes dans l'outil) ont été détaillées :

Report Générator : permet de générer des rapports (latex, ppt, html) automatiquement à partir d'un calcul, le texte mis en commentaire dans le code MatLab est inséré dans le rapport.

Guide permet de créer des interfaces spécifiques.

Il est possible de faire des appels externes à des fonctions écrites en fortran et de déployer les programmes MatLab sous différents formats (dll, exe, java, excel).

La Curve fitting toolbox (étude de la corrélation d'une série de données), la Statistic toolbox (800 fonctionnalités à elle seule pour spécifier données et résultats), la Bioinformatics toolbox, l'optimisation toolbox (optimisation discrète ou continue) on été présentées.

L'architecture MATLAB Distributed Computing Server a été présentée. Une fois le serveur équipé avec un certain nombre de jetons de workers, un utilisateur MatLab peut y soumettre des calculs à condition d'être équipé du Parallel Computing Toolbox. Quelques approches de programmation parallèle MatLab ont été présentées.

Voici quelques liens utiles :

• Accès au site The MathWorks : http://www.mathworks.fr/academia/
• Fiche produits : http://www.mathworks.fr/products/
• Accès aux « tutoriaux » (formations en ligne, gratuites) : http://www.mathworks.fr/academia/student_center/tutorials/
• Liste des formations, faites dans les locaux de MatLab, et encadrées par un formateurs : disponible ici
• Lien vers « Matlab Central », la communauté des utilisateurs : http://www.mathworks.fr/matlabcentral/
• La présentation que vous avez pu voir lors du séminaire : disponible ici