Liste des logiciels installés sur ROMEO II
Trouvez ici des informations sur les logiciels installés sur Romeo2 :
Compilateur Intel C / C++, Compilateur Fortran, IMKL, Amber 9, Molcas 5.4, CPMD 3.11.1, Fluent, Gaussian, Gromacs, Molden, Molpro, PETSC, GSL
Compilateur Intel C / C++
La version 10.1.008 est installée. Il suffit de sourcer l'environnement pour l'utiliser sur le noeud de login :
source /opt/intel/iccvars.sh
Compilateur Fortran
La version 10.1.008 est installée. Il suffit de sourcer l'environnement pour l'utiliser sur le noeud de login :
source /opt/intel/iforthvars.sh
IMKL http://www.intel.com/cd/software/products/asmo-na/eng/307757.htm
Intel Math Kernel Library, la version cluster 9.1.023 est intallée dans /opt/intel/cmkl/
Abaqus 6.7.1 http://www.abaqus.com
ABAQUS, Inc. the world’s leader in advanced Finite Element Analysis, provides complete and powerful solutions for routine and sophisticated linear and nonlinear engineering problems. Please consult user's guide for submitting jobs, created by Boussad Abbes (ESIEC)
Amber 9 http://amber.scripps.edu/
Amber est un ensemble de programmes destinés à la simulation moléculaire (minimisation, dynamique moléculaire) de biomolécules principalement, par mécanique moléculaire (MM). Des possibilités de simulation par la méthode hybride QM/MM existent aussi.
Amber propose un certain nombre de champs de force. La version 7 est installee sur romeo2 (source + binaire).
Informations supplémentaires ROMEO II (performances, scripts, ...)
Molcas 6
Bientôt !
CPMD 3.11.1
description à venir
Fluent
description à venir
Gaussian http://www.gaussian.com/
Gaussian est un ensemble de programmes pour le calcul de structures électroniques (calculs de Chimie Quantique).
Parmi les possibilités importantes on trouve:
- le calcul de l'energie potentielle a plusieurs niveaux de theorie possibles : semiempirique, HF, DFT, MP2, MP4, CCSD(T), CASSCF, CASPT2, ..., ONIOM, effet de solvant, ...
- la recherche de points stationnaires sur la SEP (minima, états de transition,...)
- le calcul de propriétés moléculaires diverses (fréquences de vibration, moment dipolaire, déplacments chimiques RMN, propriétés thermodynamiques (H, S, G), ...
informations supplémentaires Romeo² (scripts, ...)
Gromacs
description à venir
Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
Molden est un programme graphique PREPARANT et EXPLOITANT des calculs de Chimie quantique (typiquement: Gaussian).
Parmi les possibilités importantes on trouve:
- la création et manipulation de structures moléculaires 3D (éditeur moléculaire)
- une interface graphique pour faciliter la soumission de calcul de chimie quantique (Gamess, Gaussian, Mopac)
- la représentation 3D de la densite electronique, potentiel electrostatique, d'orbitales moélculaires ...
- l'animation de chemin réactionnels
- l'animation 3D des modes normaux de vibration moléculaire
Molpro
description à venir
PETSC http://www-unix.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/
PETSc, pronounced PET-see (the S is silent), is a suite of data structures and routines for the scalable (parallel) solution of scientific applications modeled by partial differential equations. It employs the MPI standard for all message-passing communication.
- Scientific applications that use PETSc
- Features of the PETSc libraries
- Summary of sparse linear system solvers accessible from PETSc
- Related packages that use PETSc
- Packages that PETSc can optionally use
- PETSc is part of the DOE SciDAC TOPS project in algorithms, software, and applications for the scalable solution of PDES.
- On-site consulting services are Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voirfor a fee.
GSL http://www.gnu.org/software/gsl/
The GNU Scientific Library (GSL) is a numerical library for C and C++ programmers. It is free software under the GNU General Public License. The library provides a wide range of mathematical routines such as random number generators, special functions and least-squares fitting. There are over 1000 functions in total with an extensive test suite. The current version is GSL-1.9. It was released on 21 February 2007. This is a stable release.
The complete range of subject areas covered by the library includes,
| Complex Numbers | Roots of Polynomials | Special Functions |
| Vectors and Matrices | Permutations | Sorting |
| BLAS Support | Linear Algebra | Eigensystems |
| Fast Fourier Transforms | Quadrature | Random Numbers |
| Quasi-Random Sequences | Random Distributions | Statistics |
| Histograms | N-Tuples | Monte Carlo Integration |
| Simulated Annealing | Differential Equations | Interpolation |
| Numerical Differentiation | Chebyshev Approximation | Series Acceleration |
| Discrete Hankel Transforms | Root-Finding | Minimization |
| Least-Squares Fitting | Physical Constants | IEEE Floating-Point |
| Discrete Wavelet Transforms |
Pour la liste des librairies consulter l'article sur les librairies et sa documentation attachée ici
05/11/2008 ActualitéAmber
Amber est un ensemble de programmes destinés à la simulation moléculaire (minimisation, dynamique moléculaire) de biomolécules principalement, par mécanique moléculaire (MM).
Des possibilités de simulation par la méthode hybride QM/MM existent aussi.Amber propose un certain nombre de champs de force. La version 7 est installee sur romeo2 (source + binaire).
Site web : http://amber.scripps.edu/
Script de soumission :
Il existe aussi un outil pour générer un script de manière interactive : ascr est disponible dans /opt/tools, il vous suffit de le copier dans votre répertoire de travail pour l'utiliser et éventuellement le modifier. Merci à Eric Henon qui a créé cet outil.
utilisation en ligne: csh ascr molecule :repondre aux questions (nb proc. demandes ...)=> genere molecule.sh et il ne reste qu'a soumettre par qsub molecule.sh
Accélération type
molecular dynamic on a (proteine + wat) system
20400 atoms (SHAKE)
4000 steps of 1 fs
- ROMEO2 amber9/9.1 COMPILER
| NPROC | WALLTIME | SPEEDUP | EFFICIENCY(%) | ROMEO1/ROMEO2 |
|---|---|---|---|---|
| 1 proc | 1285 s | 1.0 | 100 | 10.2 |
| 2 procs | 666 s | 1.9 | 96.5 | 11.1 |
| 4 procs | 355 s | 3.6 | 90.5 | 13.2 |
| 8 procs | 198 s | 6.5 | 81.1 | 18.9 |
| 16 procs | 124 s | 10.4 | 64.8 | |
| 32 procs | 84 s | 15.3 | 47.8 |
- ROMEO2 amber7/9.0 COMPILER
| NPROC | WALLTIME | SPEEDUP | EFFICIENCY(%) | ROMEO1/ROMEO2 |
|---|---|---|---|---|
| 1 proc | 1316 s | 1.0 | 100 | 9.9 |
| 2 procs | 685 s | 1.92 | 96.1 | 10.8 |
| 4 procs | 375 s | 3.51 | 87.8 | 12.5 |
| 8 procs | 233 s | 5.65 | 70.6 | 16.0 |
| 16 procs | 153 s | 8.60 | 53.8 | |
| 32 procs | 115 s | 11.44 | 35.8 |
- amber7 ROMEO1
| NPROC | WALLTIME | SPEEDUP | EFFICIENCY(%) |
|---|---|---|---|
| 1 proc | 13070 s | 1.0 | 100 |
| 2 procs | 7423 s | 1.76 | 88.0 |
| 4 procs | 4691 s | 2.79 | 69.7 |
| 8 procs | 3737 s | 3.50 | 43. |
job: Amber, minimisation sur une proteine + eau :
| NPROC | WALLTIME | THEOR. | SPEEDUP | EFFICIENCY(%) |
|---|---|---|---|---|
| 1 proc | 952 s | 952 | 1.00 | 100 |
| 2 procs | 526 s | 476 | 1.81 | 90.5 |
| 4 procs | 311 s | 238 | 3.06 | 76.5 |
| 8 procs | 222 s | 119 | 4.29 | 53.6 |
| 16 procs | 186 s | 60 | 5.12 | 32.0 |
| 32 procs | 184 s | 30 | 5.17 | 16.2 |
- job: Amber, dynamique moleculaire sur une proteine + eau
| NPROC | WALLTIME | THEOR. | SPEEDUP | EFFICIENCY(%) |
|---|---|---|---|---|
| 1 proc | 1316 s | 1316 | 1.0 | 100 |
| 2 procs | 685 s | 658 | 1.92 | 96.1 |
| 4 procs | 375 s | 329 | 3.51 | 87.8 |
| 8 procs | 233 s | 164 | 5.65 | 70.6 |
| 16 procs | 153 s | 82 | 8.60 | 53.8 |
| 32 procs | 115 s | 41 | 11.44 | 35.8 |
Gecode
Gecode
Gecode is an open, free, portable, accessible, and efficient environment for developing constraint-based systems and applications. Gecode is:
- open
- Gecode is radically open for programming: it can be easily interfaced to other systems. It supports the programming of new propagators (as implementation of constraints), branching strategies, and search engines. New variable domains can be programmed at the same level of efficiency as finite domain and integer set variables that come predefined with Gecode.
- free
- Gecode is distributed under a BSD-style license and is listed as free software by the FSF. All of its parts including documentation, implementations of global constraints, and examples are available as source code for download.
- portable
- Gecode is implemented in C++ that carefully follows the C++ standard. It can be compiled with modern C++ compilers and runs on a wide range of machines (including 64bit machines).
- accessible
- Gecode comes with extensive reference documentation that allows to focus on different programming tasks with Gecode. In the near future, we intend to release tutorial documentation explaining the various programming tasks in more detail.
- efficient
- Gecode offers competitive performance with respect to both runtime and memory usage. A comparison with some other systems is available.
pour compiler gecode (pour les administrateurs)
./configure --prefix=/usr/local/gecode-1.3.1 CC=icc CXX=icpc
make
(la version intel ne compile pas)
./configure CC=icc CXX=icpc --with-host-os=linux --with-compiler-vendor=intel
make
(c'est cette version qui est présente, avec les exemples)
pour utiliser gecode
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/gecode-1.3.1/
/opt/gecode-1.3.1/examples/golomb
/opt/gecode-1.3.1/examples/golf
more /opt/gecode-1.3.1/examples/golf.cc
exemple de code gecode
à venir, les exemples sont dans /usr/local/gecode-1.3.1/examples/
compilation
1. Définition de l'env:
export GPREFIX=/optl/gecode-1.3.1/
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/gecode-1.3.1/
2. Includes et édition de liens :
-L$GPREFIX/lib -lgecodekernel -lgecodesearch -lgecodeint -lgecodeset -lgecodeminimodel -I$GPREFIX/include -I$GPREFIX
3. Exemples pour les n-reines :
icc -L$GPREFIX/lib -lgecodekernel -lgecodesearch -lgecodeint -lgecodeset -lgecodeminimodel -I$GPREFIX/include -I$GPREFIX queens.cc -o queensicc $GPREFIX/examples/support.o $GPREFIX/examples/timer.o -lm
01/01/1970 Actualité