Actualité ROMEO
NISTMonte

NIST Nonte is a Monte Carlo simulation of electron and x-ray transport in solid materials.

NISTMonte simulates the trajectory of energetic electrons as they interact with matter.

NISTMonte models characteristic x-ray generation as a result of electron-induced inner shell ionization
NISTMonte models Bremsstrahlung x-ray generation resulting from electron deceleration

NISTMonte models complex sample geometries including those build from cylinders, blocks, spheres and the intersection of multiple planes

  •  
    •  
      • Most samples can be arbitrarily rotated and translated in 3-space

NISTMonte provides a mechanism for attaching multiple simultaneous x-ray and electron detectors to facilitate dynamically recording various electron and x-ray measurables.

  • Available electron detectors include a backscatter/forward scattered electron detector, an annular detector, an electron trajectory image and an interactive 3-D trajectory virtual reality markup language (VRML) world.
  • Available x-ray detectors include a detector emulating an EDS detector, x-ray emission images
  • NISTMonte provides a mechanism to add new detectors without modifying existing code.

NISTMonte provides multiple different interchangeable physical models

  • Elastic cross section – Three alternatives
  • Inelastic cross section – One alternative
  • Ionization cross section – Three alternatives
  • X-ray mass absorption coefficients – Eleven alternatives
  • Fluorescence yield – Three alternatives
  • Electron energy loss – One alternative
  • Additional user implemented models can be readily integrated

NISTMonte is available as Java source code with JavaDoc API documentation

  • Pursuant to title 17 Section 105 of the United States Code NISTMonte is not subject to copyright protection and is in the public domain

NISTMonte algorithms are designed in a library format to facilitate integration into other applications.
NISTMonte can be scripted using Jython to facilitate the design of complex simulations
NISTMonte is available with source code

 

lien web avec exemples : http://www.cstl.nist.gov/div837/837.02/epq/index.html

pour l'utiliser sur Romeo2 :

copie dans un répertoire : cp /opt/tools/NISTMonte2.zip ./home_nfs/nomCompte/NISTMonte/

dézipper : jar xf NISTMonte.zip

lancer l'appli : java5 -mx256m -jar JythonGUI.jar&

01/01/1970    Actualité

Actualité ROMEO
Le Comité Scientifique

Attention, cet article traite du premier calculateur Romeo installé en 2002 !

Le comité est disponible pour toute information sur romeo.

Compte-rendu du Comité Scientifique

 

 

Représentants des utilisateurs

Biochimie (IFR 53 "Biomolécules") Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Représentant Etudiants Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Informatique (LERI) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Chimie Théorique (GSMA) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Physique (GSMA) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
ESIEC Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Informatique (LERI) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Mathématiques Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

 

 

Représentants CRI

Directeur CRI Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Ingénieur Système Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

 

 

[archive du site http://www.univ-reims.fr/calculateur au 4 mars 2007]

01/01/1970    Actualité

Actualité ROMEO
Abaqus

Utilisation d'Abaqus 6.7.1 sur ROMEO II

Depuis 2008, les licences Abaqus de ROMEOII sont hébergées à l'UTT. La configuration du serveur de licence est automatiquement intégrée à Abaqus, il ne faut plus spécifier de LM_LICENSE_FILE.

 

Premier fichier de soumission

(pour tester la connectivité avec le serveur de licence)

 

#!/bin/sh
#PBS -N abaqusLicencing
#PBS -r n
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
#PBS -q small
#PBS -l nodes=1:ppn=1

# working directory
PBS_O_WORKDIR=/home_nfs/monCompte/monRepertoire
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

echo Running on host `hostname`
echo Time is `date`
echo Directory is `pwd`
echo $PBS_NODEFILE

ulimit -s 8192
/opt/Abaqus/Commands/abaqus licensing -ru

 

 

 

Fichier de soumission de test en MPI

 

 

#!/bin/sh
#PBS -N testAbaqus
#PBS -r n
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
#PBS -q small
#PBS -l nodes=1:ppn=2

### working directory
PBS_O_WORKDIR=/home_nfs/monuser/monRepertoire
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

echo Running on host `hostname`
echo Time is `date`
echo Directory is `pwd`

### environment, binary, paralell library
export PATH=/opt/Abaqus/Commands:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/Abaqus/6.7-1/External/mpi/hpmpi-2.2.5/lib/linux_ia64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/opt/Abaqus/6.7-1/External/mpi/hpmpi-2.2.5/bin:$PATH

### run executable
/opt/Abaqus/Commands/abaqus job=jobAbaqus input=flaconNewVierge2.inp cpus=2 interactive

 

 

Fichier de soumission fourni par Boussad Abbes

(semble ne plus fonctionner)


1). Avant d'utiliser Abaqus, il faut positionner quelques variables
d'environnement. Le plus simple est de copier les lignes suivantes à la fin de
votre fichier ".bash_profile":
# environment for Abaqus
export PATH=/opt/Abaqus/Commands:$PATH
2). Pour soumettre un job utiliser la commande "qsub AbaqusScript.sh" le fichier
AbaqusScript.sh suivant doit être adapté à votre cas:
#!/bin/sh
#PBS -N MonJobAbaqus
#PBS -r n
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

01/01/1970    Actualité

Actualité ROMEO
GSL

GSL pour GNU Scientific Library.

C'est un bibliothèque écrite en C fournissant des outils de calculs numériques en mathématiques appliqués. La GSL fait partie du projet GNU et est distribuée sous GNU General Public License.



page officielle :
http://www.gnu.org/software/gsl/
description wikipédia : http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Scientific_Library

The GNU Scientific Library (GSL) is a numerical library for C and C++ programmers. It is free software under the GNU General Public License.
The library provides a wide range of mathematical routines such as random number generators, special functions and least-squares fitting. There are over 1000 functions in total with an extensive test suite.

doc : http://www.gnu.org/software/gsl/manual/html_node/
The current version is GSL-1.10. It was released on 21 September 2007. This is a stable release. The complete range of subject areas covered by the library includes,

Complex Numbers Roots of Polynomials Special Functions
Vectors and Matrices Permutations Sorting
BLAS Support Linear Algebra Eigensystems
Fast Fourier Transforms Quadrature Random Numbers
Quasi-Random Sequences Random Distributions Statistics
Histograms N-Tuples Monte Carlo Integration
Simulated Annealing Differential Equations Interpolation
Numerical Differentiation Chebyshev Approximation Series Acceleration
Discrete Hankel Transforms Root-Finding Minimization
Least-Squares Fitting Physical Constants IEEE Floating-Point
Discrete Wavelet Transforms    

 

Exemple de programme :

/*
* Exemple d'utilisation de générateurs de nombres aléatoires de la GSL
*/

// Pour le cout et endl
#include

// Pour la fonction time utilisée pour générer la graine
#include

// Pour les générateurs de nombres de la GSL
#include
#include

using std::cout;
using std::endl;

int main(int argc, char *argv[]) {
gsl_rng *r; // Générateur de nombres aléatoires

// Creation du générateur (ici, Mersenne Twister)
r = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937);

// Initialisation de la graine
gsl_rng_set(r, time(NULL));

// Génération de 20 nombres suivant la loi de Gauss
double sigma = 1;

cout << "Loi de Gauss avec sigma= " << sigma << endl;
for(int i = 0; i < 20; i++)
cout << i << " : " << gsl_ran_gaussian(r, sigma) << endl;

// Génération de 20 nombres suivant la loi log-normale
double zeta = 1;

cout << endl << "Loi log-normale avec sigma= " << sigma;
cout << " et zeta=" << zeta << endl;
for(int i = 0; i < 20; i++)
cout << i << " : " << gsl_ran_lognormal(r, zeta, sigma) << endl;

// Destruction du générateur
gsl_rng_free(r);
}

Compiler le programme
avec g++ : g++ -o testGsl testGsl.cpp -W -Wall -lgsl
avec ipcp : ipcp -o testGsl testGsl.cpp -W -Wall -lgsl

Executer le programme

Une fois votre programme compilé, vous allez vouloir l'exécuter, et une erreur indiquant que le programme ne trouve pas les librairies nécessaires à son fonctionnement apparaît. Nous devons modifier la variable d'environnement référençant les librairies afin de lui indiquer où elles se trouvent. Bien évidemment, à chaque nouvelle session, vous devrez taper cette commande. Pour éviter cela, nous allons directement placer cette commande dans le fichier .bashrc se trouvant à la racine de notre compte ou dans le fichier de soumission.

# Ajout du chemin de la librairie
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
 
 
01/01/1970    Actualité