Actualité ROMEO
Gaussian

Gaussian est un ensemble de programmes pour le calcul de structures électroniques (calculs de Chimie Quantique).
Site web :
www.gaussian.com

Parmi les possibilités importantes on trouve:

  • Le calcul de l'energie potentielle a plusieurs niveaux de theorie possibles : semiempirique, HF, DFT, MP2, MP4, CCSD(T), CASSCF, CASPT2, ..., ONIOM, effet de solvant, ...
  • La recherche de points stationnaires sur la SEP (minima, états de transition,...)
  • Le calcul de propriétés moléculaires diverses (fréquences de vibration, moment dipolaire, déplacments chimiques RMN, propriétés thermodynamiques (H, S, G), ...

La version G.03 est installée sur Romeo2

Script de soumission :

Il existe aussi un outil pour générer un script de manière interactive : gscr est disponible dans /opt/tools, il vous suffit de le copier dans votre répertoire de travail pour l'utiliser et éventuellement le modifier. Merci à Eric Henon qui a créé cet outil.

utilisation en ligne: csh gscr molecule :repondre aux questions (nb proc. demandes ...)=> genere molecule.sh et il ne reste qu'a soumettre par qsub molecule.sh

 

Script de soumission type

#!/bin/sh

### URCA launching file for jobs
###
#PBS -N Gaussian_jobname
### declare job non-rerunable
#PBS -r n
### output file
#PBS -e Gaussian_job.err
#PBS -o Gaussian_job.out
### Mail to user - abort, begin and end -
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
### Queue name
#PBS -q long
### Resources query: number of nodes, cpu per node, cpu time
#PBS -l nodes=1:ppn=2:romeo25

### working directory
PBS_O_WORKDIR=/tmp/user.Gaussian.jobname.27835
mkdir $PBS_O_WORKDIR
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
echo Running on host `hostname`
echo Time is `date`
echo Directory is `pwd`


### run executable
export g03root=/opt/Gaussian
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/intelruntime:$LD_LIBRARY_PATH"
cp /home_nfs/user/jobname.inp $PBS_O_WORKDIR
g03 jobname.out
cp jobname.out /home_nfs/henon


### preciser le nbre de processeurs ayant servi
cd /home_nfs/user

echo "************" >> jobname.out
echo Run on 2 nodes >> jobname.out

B3LYP/6-311++g** test job
molecule: C2H5NO2


Le second jeu incore fait reference au meme calcul avec les integrales bielectroniques conservees en memoire vive au lieu du disque dur: 550Mo/par proc

 

  • ROMEO2 9.1 Compiler
NPROC TIME SPEEDUP EFFICIENCY(%) ROMEO1/ROMEO2
1 proc 164 s 1 100 6.0
2 procs 92 s 1.8 89.1 5.7
4 procs 45 s 3.6 91.1 5.7
8 procs 32 s 5.1 64.0 4.9

 

  • ROMEO2 9.0 Compiler
NPROC TIME SPEEDUP EFFICIENCY(%) ROMEO1/ROMEO2
1 proc 575 s 1 100 1.73
2 procs 299 s 1.92 96.1 1.74
4 procs 149 s 3.86 96.5 1.71
8 procs 105 s 5.48 68.5 1.45
16 procs 59 s 9.75 60.9
32 procs 38 s 15.13 47.3

 

  • Direct/Incore ROMEO1/ROMEO2
1 proc incore 114 s 1.00 100 5.04 7.7
2 procs incore 69 s 1.65 82.6 4.33 9.6
4 procs incore 38 s 3.00 75.0 3.92 14.9
8 procs incore 31 s 3.68 46.0 3.39 16.2
16 procs incore 26 s 4.38 27.4 2.27

 

  • CRIHAN (p5)
NPROC TIME SPEEDUP EFFICIENCY(%)
1 proc 206 s 1 100

 

  • ROMEO1
NPROC TIME SPEEDUP EFFICIENCY(%)
1 proc 992 s 1 100
2 procs 520 s 1.91 95.4
4 procs 255 s 3.89 97.3
8 procs 156 s 6.36 79.5

 

  • incore:
1 proc 878 s 1 100
2 procs 665 s 1.32 66
4 procs 567 s 1.55 38.7
8 procs 502 s 1.75 21.8

****************

01/01/1970    Actualité

Actualité ROMEO
Jython

JPython est né d'une volonté d'utiliser les technologies Java avec un langage simple et puissant : Python. L'interpréteur python a donc été réécrit en Java pour permettre le mélange entre les classes du jdk et l'intrépeteur python au sein de la même machine virtuelle Java. Suite à des problèmes de license déténue par le CNRI (qui a vu la naissance de Python et de JPython), un nouveau nom a été donné à ce projet : Jython.

Jython 2 est une version plus mature, qui subit un processus de développement plus intense que celui de JPython.

 

Jython permet de

  • compiler dynamiquement du python en bytecode Java
  • hériter des classes Java en Jython
  • compiler statiquement (création d'applets, servlets, beans...)
  • utiliser la syntaxe et les modules python dans les programmes Java
  • avoir un interpréteur python manipulant des objets Java
  • Jython est certifié 100% Pure Java (portabilité assurée)

La procédure d'installation de Jython 2 n'a plus rien à voir avec celle de son ancêtre JPython 1.1. Elle est en effet vraiment trés simple. Pour ceux qui désirent travailler avec JPython 1.1, il faut non seulement installer JPython mais aussi l'errata de Finn Bock permettant de fixer pas mal de petites défaillances (voir liens). Cela dit, il n'y a pas vraiment de raison d'utiliser cette dernière, d'autant plus que la compatibilité ascendante est assurée.

 

site officiel :http://www.jython.org/

infos et tutoriels : http://flrt.free.fr/jython/intro.html

 

Installation utilisateur de jython sur votre compte :

copy du fichier sur votre compte : cp /opt/tools/jython_installer-2.2b2.jar .
lancement de l'installation : java5 -jar ./jython_installer-2.2b2.jar --console
il faut ensuite répondre à toutes les questions et choisir un répertoire d'installation dans votre compte, par exemple /home_nfs/nomCompte/jython

 

 

01/01/1970    Actualité

Actualité ROMEO
NISTMonte

NIST Nonte is a Monte Carlo simulation of electron and x-ray transport in solid materials.

NISTMonte simulates the trajectory of energetic electrons as they interact with matter.

NISTMonte models characteristic x-ray generation as a result of electron-induced inner shell ionization
NISTMonte models Bremsstrahlung x-ray generation resulting from electron deceleration

NISTMonte models complex sample geometries including those build from cylinders, blocks, spheres and the intersection of multiple planes

  •  
    •  
      • Most samples can be arbitrarily rotated and translated in 3-space

NISTMonte provides a mechanism for attaching multiple simultaneous x-ray and electron detectors to facilitate dynamically recording various electron and x-ray measurables.

  • Available electron detectors include a backscatter/forward scattered electron detector, an annular detector, an electron trajectory image and an interactive 3-D trajectory virtual reality markup language (VRML) world.
  • Available x-ray detectors include a detector emulating an EDS detector, x-ray emission images
  • NISTMonte provides a mechanism to add new detectors without modifying existing code.

NISTMonte provides multiple different interchangeable physical models

  • Elastic cross section – Three alternatives
  • Inelastic cross section – One alternative
  • Ionization cross section – Three alternatives
  • X-ray mass absorption coefficients – Eleven alternatives
  • Fluorescence yield – Three alternatives
  • Electron energy loss – One alternative
  • Additional user implemented models can be readily integrated

NISTMonte is available as Java source code with JavaDoc API documentation

  • Pursuant to title 17 Section 105 of the United States Code NISTMonte is not subject to copyright protection and is in the public domain

NISTMonte algorithms are designed in a library format to facilitate integration into other applications.
NISTMonte can be scripted using Jython to facilitate the design of complex simulations
NISTMonte is available with source code

 

lien web avec exemples : http://www.cstl.nist.gov/div837/837.02/epq/index.html

pour l'utiliser sur Romeo2 :

copie dans un répertoire : cp /opt/tools/NISTMonte2.zip ./home_nfs/nomCompte/NISTMonte/

dézipper : jar xf NISTMonte.zip

lancer l'appli : java5 -mx256m -jar JythonGUI.jar&

01/01/1970    Actualité

Actualité ROMEO
Le Comité Scientifique

Attention, cet article traite du premier calculateur Romeo installé en 2002 !

Le comité est disponible pour toute information sur romeo.

Compte-rendu du Comité Scientifique

 

 

Représentants des utilisateurs

Biochimie (IFR 53 "Biomolécules") Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Représentant Etudiants Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Informatique (LERI) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Chimie Théorique (GSMA) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Physique (GSMA) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
ESIEC Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Informatique (LERI) Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Mathématiques Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

 

 

Représentants CRI

Directeur CRI Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
Ingénieur Système Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

 

 

[archive du site http://www.univ-reims.fr/calculateur au 4 mars 2007]

01/01/1970    Actualité

Actualité ROMEO
Abaqus

Utilisation d'Abaqus 6.7.1 sur ROMEO II

Depuis 2008, les licences Abaqus de ROMEOII sont hébergées à l'UTT. La configuration du serveur de licence est automatiquement intégrée à Abaqus, il ne faut plus spécifier de LM_LICENSE_FILE.

 

Premier fichier de soumission

(pour tester la connectivité avec le serveur de licence)

 

#!/bin/sh
#PBS -N abaqusLicencing
#PBS -r n
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
#PBS -q small
#PBS -l nodes=1:ppn=1

# working directory
PBS_O_WORKDIR=/home_nfs/monCompte/monRepertoire
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

echo Running on host `hostname`
echo Time is `date`
echo Directory is `pwd`
echo $PBS_NODEFILE

ulimit -s 8192
/opt/Abaqus/Commands/abaqus licensing -ru

 

 

 

Fichier de soumission de test en MPI

 

 

#!/bin/sh
#PBS -N testAbaqus
#PBS -r n
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
#PBS -q small
#PBS -l nodes=1:ppn=2

### working directory
PBS_O_WORKDIR=/home_nfs/monuser/monRepertoire
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

echo Running on host `hostname`
echo Time is `date`
echo Directory is `pwd`

### environment, binary, paralell library
export PATH=/opt/Abaqus/Commands:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/Abaqus/6.7-1/External/mpi/hpmpi-2.2.5/lib/linux_ia64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/opt/Abaqus/6.7-1/External/mpi/hpmpi-2.2.5/bin:$PATH

### run executable
/opt/Abaqus/Commands/abaqus job=jobAbaqus input=flaconNewVierge2.inp cpus=2 interactive

 

 

Fichier de soumission fourni par Boussad Abbes

(semble ne plus fonctionner)


1). Avant d'utiliser Abaqus, il faut positionner quelques variables
d'environnement. Le plus simple est de copier les lignes suivantes à la fin de
votre fichier ".bash_profile":
# environment for Abaqus
export PATH=/opt/Abaqus/Commands:$PATH
2). Pour soumettre un job utiliser la commande "qsub AbaqusScript.sh" le fichier
AbaqusScript.sh suivant doit être adapté à votre cas:
#!/bin/sh
#PBS -N MonJobAbaqus
#PBS -r n
#PBS -m abe
#PBS -M Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir

01/01/1970    Actualité